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Yorodumi- PDB-6vpu: 1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Phosphoadenosine Phosp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vpu | ||||||
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Title | 1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Phosphoadenosine Phosphosulfate Reductase (CysH) from Vibrio vulnificus | ||||||
Components | Phosphoadenosine phosphosulfate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / CysH | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / hydrogen sulfide biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Phosphoadenosine Phosphosulfate Reductase (CysH) from Vibrio vulnificus Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vpu.cif.gz | 775.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vpu.ent.gz | 644.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vpu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vpu_validation.pdf.gz | 311 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vpu_full_validation.pdf.gz | 311.6 KB | Display | |
Data in XML | 6vpu_validation.xml.gz | 1.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6vpu_validation.cif.gz | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1surS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 29752.385 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (bacteria) Strain: CMCP6 / Gene: cysH, VV1_1404 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8CWK6, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) #2: Chemical | ChemComp-PG4 / | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | ChemComp-P6G / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Protein: 9.8 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, Screen: PEG's II (D10), 0.2 M Sodium acetate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2019 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 180003 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.08 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8938 / CC1/2: 0.768 / CC star: 0.932 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 0.83 / Rsym value: 0.744 / Χ2: 1.007 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1sur Resolution: 1.9→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.718 / SU ML: 0.089 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.31 Å2 / Biso mean: 28.212 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→29.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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