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- PDB-6vpb: A novel membrane-bound 6-phosphogluconate dehydrogenase from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vpb
タイトルA novel membrane-bound 6-phosphogluconate dehydrogenase from the acetic acid bacteria Gluconacetobacter diazotrophicus (Gd6PGD)
要素6-phosphogluconate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 6-phosphogluconate dehydrogenase / Gluconacetobacter diazotrophicus / membrane-bound protein / 6-phospho-D-gluconate / NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate dehydrogenase, YqeC-type / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 6-phosphogluconate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter diazotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Rodriguez-Hernandez, A.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)299048 メキシコ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The structure of a novel membrane-associated 6-phosphogluconate dehydrogenase from Gluconacetobacter diazotrophicus (Gd6PGD) reveals a subfamily of short-chain 6PGDs.
著者: Sarmiento-Pavia, P.D. / Rodriguez-Hernandez, A. / Rodriguez-Romero, A. / Sosa-Torres, M.E.
履歴
登録2020年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9705
ポリマ－71,7792
非ポリマー1913
水6,287349
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,94010
ポリマ－143,5594
非ポリマー3816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area25750 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area43140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.760, 82.097, 81.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.407, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-668-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA1 - 1251 - 125
12LEULEUVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA132 - 247132 - 247
13SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA250 - 276250 - 276
14GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA279 - 282279 - 282
15ALAALAPROPRO(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA285 - 294285 - 294
16THRTHRGLYGLY(chain 'A' and (resid 1 through 43 or (resid 44...AA297 - 323297 - 323
21METMETTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB1 - 1251 - 125
22LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB132 - 247132 - 247
23SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB250 - 276250 - 276
24GLYGLYTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB279 - 282279 - 282
25ALAALAPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB285 - 294285 - 294
26THRTHRGLYGLY(chain 'B' and (resid 1 through 10 or (resid 11...BB297 - 323297 - 323

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase / decarboxylating


分子量: 35889.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Gluconacetobacter diazotrophicus (strain ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5) (バクテリア)
株: ATCC 49037 / DSM 5601 / PAl5 / 参照: UniProt: A9H324
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10 mM sodium phosphate pH 6.0, 0.1 % triton X-100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→36.48 Å / Num. obs: 48489 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.953 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 51.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→36.48 Å / SU ML: 0.2344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0225
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 997 2.06 %
Rwork0.183 --
obs0.1838 48489 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→36.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 0 12 349 5093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00934859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00746592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.56243891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.970.33781400.27746706X-RAY DIFFRACTION99.16
1.97-2.090.23971430.2176803X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.250.26661410.21366811X-RAY DIFFRACTION99.89
2.25-2.480.2531410.20746786X-RAY DIFFRACTION99.04
2.48-2.840.23831430.20276717X-RAY DIFFRACTION98.41
2.84-3.570.23521440.17766765X-RAY DIFFRACTION98.73
3.57-36.480.17031450.14596904X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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