PDB-6vna: Pden_1323

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vna

タイトル

Pden_1323

要素

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

Heme (ヘム)

機能・相同性

Heme utilization protein HutZ / FMN-binding split barrel / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Isiorho, E.A. / Mansoorabadi, S.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A noncanonical heme oxygenase specific for the degradation of c-type heme.
著者: Li, S. / Isiorho, E.A. / Owens, V.L. / Donnan, P.H. / Odili, C.L. / Mansoorabadi, S.O.

履歴

登録	2020年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vna.cif.gz	156.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vna.ent.gz	127 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/6vna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/6vna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3rmu-2 2pxa-1 3rl5-d 5ehi-2 5ikm-d 5ec8-1 5wz1-2 6j6o-d 5eiw-1 3t7r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

52.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.843, 117.044, 59.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.376, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein 分子量: 17368.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア) 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_1323, Pden_1574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1B1N4
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: glycerol, PEG 4000, sodium acetate, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射	モノクロメーター: Si filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→61.25 Å / Num. obs: 32977 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 1677 / CC_1/2: 0.582

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: itasser

解像度: 2.2→58.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	1294	5.215 %
R_work	0.2115	-	-
all	0.214	-	-
obs	-	24814	99.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.131 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.995 Å²	0 Å²	-3.54 Å²
2-	-	-3.766 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→58.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3150	0	0	47	3197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.643	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.346	1.578	7305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.998	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.869	19.07	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.759	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.546	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.143	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.072	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.053	6.469	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.046	6.468	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.388	9.68	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.389	9.682	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.32	7.266	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.319	7.269	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.347	10.645	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.346	10.647	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.323	75.861	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.327	75.862	3135

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.415	108	0.376	1677	X-RAY DIFFRACTION	98.892
2.257-2.319	0.324	85	0.373	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.4969
2.319-2.386	0.403	98	0.346	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.1995
2.386-2.459	0.369	82	0.324	1607	X-RAY DIFFRACTION	99.5286
2.459-2.54	0.284	94	0.299	1539	X-RAY DIFFRACTION	99.4519
2.54-2.629	0.321	70	0.277	1500	X-RAY DIFFRACTION	99.6193
2.629-2.728	0.315	73	0.242	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.5425
2.728-2.839	0.303	65	0.229	1390	X-RAY DIFFRACTION	99.7942
2.839-2.965	0.3	66	0.216	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.7904
2.965-3.109	0.249	75	0.193	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.7028
3.109-3.277	0.309	76	0.198	1223	X-RAY DIFFRACTION	99.7696
3.277-3.475	0.208	66	0.177	1145	X-RAY DIFFRACTION	99.8351
3.475-3.714	0.235	71	0.189	1060	X-RAY DIFFRACTION	99.9117
3.714-4.01	0.262	55	0.191	1014	X-RAY DIFFRACTION	99.9065
4.01-4.391	0.183	45	0.157	938	X-RAY DIFFRACTION	99.8984
4.391-4.907	0.195	39	0.163	858	X-RAY DIFFRACTION	99.8886
4.907-5.66	0.265	48	0.189	733	X-RAY DIFFRACTION	99.8721
5.66-6.917	0.227	34	0.224	642	X-RAY DIFFRACTION	100
6.917-9.72	0.272	23	0.208	502	X-RAY DIFFRACTION	100
9.72-58.657	0.234	21	0.226	281	X-RAY DIFFRACTION	99.67

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)