PDB-6vkg: Human carbonic anhydrase IX mimic with Epacadostat bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vkg

タイトル

Human carbonic anhydrase IX mimic with Epacadostat bound

要素

human carbonic anhydrase IX mimic

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / human carbonic anhydrase IX mimic / metalloenzyme / Epacadostat / metal binding protein / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Carta, F. / Supuran, C.T.

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: X-ray crystallography of Epacadostat in adduct with Carbonic Anhydrase IX.
著者: Angeli, A. / Peat, T.S. / Selleri, S. / Saleh Alfawaz Altamimi, A. / Supuran, C.T. / Carta, F.

履歴

登録	2020年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vkg.cif.gz	123.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vkg.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vkg_validation.pdf.gz	336.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vkg_full_validation.pdf.gz	337.2 KB	表示
XML形式データ	6vkg_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6vkg_validation.cif.gz	5.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g03S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uh0-d 3u3a-d 6sys-d 6rvk-d 5sz2-d 6rhj-d 6lv7-d 3rz5-d 3p5l-d 6eeo-d 5clu-d 4riv-d 5n24-d 1ydc-d 3s76-d 1ca2-d 5flq-d 4e3h-d 6otm-d 5flp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: human carbonic anhydrase IX mimic

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.979, 41.436, 72.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.117, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	human carbonic anhydrase IX mimic 分子量: 29226.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-BBJ / N-(3-bromo-4-fluorophenyl)-N'-hydroxy-4-{[2-(sulfamoylamino)ethyl]amino}-1,2,5-oxadiazole-3-carboximidamide / N-(3-ブロモ-4-フルオロフェニル)-N′-ヒドロキシ-4-[[2-(スルファモイルアミノ)エチル]アミノ]-1,(以下略) 分子量: 438.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃BrFN₇O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 nL 5.9 mg/mL protein + 200 nL reservoir (2.7 M ammonium sulfate, 50 mM Tris buffer, pH 8.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953657 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953657 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→41.4 Å / Num. obs: 48966 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 2263 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.469 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5G03

5g03

解像度: 1.37→40.744 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.888 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1671	2424	4.954 %
R_work	0.1269	-	-
all	0.129	-	-
obs	-	48927	96.12 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.545 Å²	-0 Å²	-0.128 Å²
2-	-	-0.125 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.316 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→40.744 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2040	0	36	231	2307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.656	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.593	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.805	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.431	23.925	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.504	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.038	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.638	1.221	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.623	1.218	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.221	1.842	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.221	1.845	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.358	1.551	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.359	1.532	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.879	2.209	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.874	2.179	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.391	24.932	9787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.201	24.45	9604
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.493	3	4187

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.404	0.232	155	0.223	3281	X-RAY DIFFRACTION	91.7245
1.404-1.443	0.226	179	0.197	3271	X-RAY DIFFRACTION	94.5205
1.443-1.485	0.209	165	0.176	3185	X-RAY DIFFRACTION	94.7398
1.485-1.53	0.183	168	0.142	3087	X-RAY DIFFRACTION	94.981
1.53-1.58	0.173	168	0.134	3012	X-RAY DIFFRACTION	95.3809
1.58-1.636	0.192	164	0.119	2956	X-RAY DIFFRACTION	95.6762
1.636-1.698	0.158	162	0.107	2820	X-RAY DIFFRACTION	95.6689
1.698-1.767	0.146	133	0.093	2759	X-RAY DIFFRACTION	95.9841
1.767-1.845	0.159	137	0.091	2640	X-RAY DIFFRACTION	96.3567
1.845-1.935	0.153	133	0.098	2512	X-RAY DIFFRACTION	96.7093
1.935-2.04	0.14	122	0.102	2429	X-RAY DIFFRACTION	97.218
2.04-2.164	0.136	98	0.106	2324	X-RAY DIFFRACTION	97.3864
2.164-2.313	0.137	143	0.101	2154	X-RAY DIFFRACTION	97.3718
2.313-2.498	0.151	105	0.105	2037	X-RAY DIFFRACTION	97.7636
2.498-2.736	0.143	105	0.118	1869	X-RAY DIFFRACTION	98.6014
2.736-3.058	0.175	103	0.129	1694	X-RAY DIFFRACTION	98.0895
3.058-3.53	0.163	58	0.133	1546	X-RAY DIFFRACTION	98.647
3.53-4.321	0.134	46	0.122	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.193
4.321-6.099	0.219	58	0.162	1027	X-RAY DIFFRACTION	99.1773
6.099-40.7	0.286	22	0.223	594	X-RAY DIFFRACTION	98.8764

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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