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万見
- PDB-6vkc: Crystal Structure of Inhibitor JNJ-36811054 in Complex with Prefu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vkc
タイトルCrystal Structure of Inhibitor JNJ-36811054 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein
要素Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R0J / D(-)-TARTARIC ACID / Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者McLellan, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally ...タイトル: Discovery of 3-({5-Chloro-1-[3-(methylsulfonyl)propyl]-1H-indol-2-yl}methyl)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one (JNJ-53718678), a Potent and Orally Bioavailable Fusion Inhibitor of Respiratory Syncytial Virus.
著者: Vendeville, S. / Tahri, A. / Hu, L. / Demin, S. / Cooymans, L. / Vos, A. / Kwanten, L. / Van den Berg, J. / Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Koul, A. / Raboisson, P. / Roymans, D. / Jonckers, T.H.M.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月26日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,79811
ポリマ－63,2181
非ポリマー1,58010
水1,63991
1
F: Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

F: Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein
ヘテロ分子

F: Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,39533
ポリマ－189,6553
非ポリマー4,74030
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area20090 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area48030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.040, 168.040, 168.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-609-

SO4

21F-609-

SO4

31F-786-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 F

#1: タンパク質 Prefusion RSV F (DS-Cav1),Envelope glycoprotein


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q84850, UniProt: M1E1E4, UniProt: P03420*PLUS
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-R0J / 3-{[5-chloro-1-(4,4,4-trifluorobutyl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]methyl}-1-cyclopropyl-1,3-dihydro-2H-imidazo[4,5-c]pyridin-2-one


分子量: 450.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18ClF3N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.52M K/Na tartrate, 0.2M LiSO4, 0.1M CHES pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.61 Å / Num. obs: 25576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 54.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 514782 / Scaling rejects: 60
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.72211.7926397630500.5880.3991.8362.1100
9.01-46.6116.40.036120457330.9990.0090.03744.899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EA4

5ea4


解像度: 2.6→46.606 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1280 5.02 %
Rwork0.1916 --
obs0.1934 25515 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.77 Å2 / Biso mean: 61.1089 Å2 / Biso min: 26.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.606 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 96 91 3566
Biso mean--109.29 48.5 -
残基数----437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6004-2.70450.33451400.29312631
2.7045-2.82750.29911650.27552609
2.8275-2.97660.29671500.25072614
2.9766-3.1630.27111360.2272664
3.163-3.40720.20991380.20792660
3.4072-3.74990.26631300.1792687
3.7499-4.29220.20961270.16612715
4.2922-5.40640.17761460.1482737
5.4064-46.6060.21871480.18812918
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33-0.1469-0.52582.89171.33973.216-0.1292-0.0218-0.3850.23760.05370.05040.5929-0.1730.18790.2574-0.0216-0.00730.35650.07410.42063.1792-4.83318.6072
23.25872.90093.30265.41345.82747.095-0.47250.8246-0.2973-0.78320.4750.1592-0.61340.6522-0.1230.6198-0.04730.00270.51360.03840.51198.8556-9.4555-5.4228
31.54550.37270.16122.03661.50253.68840.00660.0956-0.6182-0.0974-0.05360.1860.8393-0.24760.00160.5001-0.0451-0.070.32810.00920.55654.9292-14.07716.345
40.3843-0.4595-0.45598.4366-0.54872.062-0.0569-0.1309-0.00210.12460.06530.08150.1352-0.12190.00830.2390.0146-0.00790.40690.04920.343910.45037.649830.0438
53.8179-0.04010.30615.3785-0.57433.27920.0829-0.37740.06460.1513-0.09650.55830.0843-0.3434-0.00440.290.07430.04290.4412-0.02990.2964-8.085219.970628.4386
67.42780.1525-0.82876.1989-0.45025.42810.2206-0.63290.79740.2949-0.0622-0.862-0.54750.4046-0.07830.5186-0.0187-0.09550.4407-0.03370.426419.308325.740936.4728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 26 through 73 )F26 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 74 through 148 )F74 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 149 through 332 )F149 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 333 through 403 )F333 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 404 through 469 )F404 - 469
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 470 through 506 )F470 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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