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- PDB-6vh5: Crystal structure of prephenate dehydratase from brucella meliten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vh5
タイトルCrystal structure of prephenate dehydratase from brucella melitensis biovar abortus 2308 in complex with phenylalanine
要素Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Prephenate dehydratase / Amino acid-binding ACT / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Prephenate dehydratase signature 1. / Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain ...Prephenate dehydratase signature 1. / Bifunctional P-protein, chorismate mutase/prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / prephenate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of prephenate dehydratase from Brucella melitensis biovar abortus 2308 in complex with phenylalanine
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Bullen, J.C. / Sankaran, B. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
B: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
C: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
D: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,56014
ポリマ－136,5274
非ポリマー1,03310
水3,027168
1
A: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
C: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7186
ポリマ－68,2642
非ポリマー4554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
2
B: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
D: Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8428
ポリマ－68,2642
非ポリマー5796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.950, 61.250, 120.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...
21(chain B and (resid 1 through 105 or (resid 106...
31(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...
41(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLYSLYS(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA1 - 222 - 23
12SERSERGLYGLY(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA0 - 28021 - 301
13SERSERGLYGLY(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA0 - 28021 - 301
14SERSERGLYGLY(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA0 - 28021 - 301
15SERSERGLYGLY(chain A and ((resid 1 through 2 and (name N...AA0 - 28021 - 301
21METMETHISHIS(chain B and (resid 1 through 105 or (resid 106...BB1 - 10522 - 126
22ILEILEILEILE(chain B and (resid 1 through 105 or (resid 106...BB106127
23METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 105 or (resid 106...BB1 - 28022 - 301
31METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC1 - 4222 - 63
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC4364
33METMETARGARG(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC1 - 27922 - 300
34METMETARGARG(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC1 - 27922 - 300
35METMETARGARG(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC1 - 27922 - 300
36METMETARGARG(chain C and (resid 1 through 42 or (resid 43...CC1 - 27922 - 300
41METMETVALVAL(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD1 - 4222 - 63
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD4364
43PROPROARGARG(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD-2 - 27919 - 300
44PROPROARGARG(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD-2 - 27919 - 300
45PROPROARGARG(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD-2 - 27919 - 300
46PROPROARGARG(chain D and (resid 1 through 42 or (resid 43...DD-2 - 27919 - 300

-
要素

#1: タンパク質
Prephenate dehydratase:Amino acid-binding ACT


分子量: 34131.777 Da / 分子数: 4 / 断片: BrabA.00146.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: pheA, BAB1_0034 / プラスミド: BrabA.00146.a.A1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YPM5, prephenate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents PACT screen, condition E12:200mM sodium malonate, dibasic, 20% PEG 3350: BrabA.00146.a.A1.PW25617 at 28.9mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 216998 e6, puck gej7-16.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.41 Å / Num. obs: 59038 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.465 % / Biso Wilson estimate: 60.259 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 12.82 / Num. measured all: 263583 / Scaling rejects: 1290
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.464.6090.5462.3320152440243720.9660.61999.3
2.46-2.534.6030.4882.5919583427942540.9690.55499.4
2.53-2.64.610.393.2719195418241640.9720.44399.6
2.6-2.684.6020.2924.0418533405540270.9840.33299.3
2.68-2.774.5920.235.1417903392638990.9880.26299.3
2.77-2.874.5690.1816.3617331382437930.9910.20799.2
2.87-2.984.5750.1557.4316520364236110.9930.17799.1
2.98-3.14.540.1239.1115991355235220.9940.1499.2
3.1-3.244.5120.09911.0115322343233960.9950.11399
3.24-3.394.4630.07513.8614327324532100.9970.08698.9
3.39-3.584.4010.06216.4713273308730160.9980.07297.7
3.58-3.794.3290.05420.0112484293828840.9980.06298.2
3.79-4.064.2670.04622.4111428278026780.9980.05396.3
4.06-4.384.1790.0425.5910218255324450.9980.04695.8
4.38-4.84.190.03827.819533237022750.9980.04496
4.8-5.374.2060.03729.198867216521080.9980.04297.4
5.37-6.24.1790.03628.457828191318730.9990.04197.9
6.2-7.594.3010.03230.396895164316030.9990.03697.6
7.59-10.734.3720.02733.475412126812380.9990.03197.6
10.73-41.414.1610.02633.5127887416700.9990.02990.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMX_B, 3MWB_A, 2QMW_A, 3LUY_A, 4LUB_A

解像度: 2.4→41.41 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 1873 3.18 %0
Rwork0.2069 ---
obs0.2083 58845 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.77 Å2 / Biso mean: 70.4797 Å2 / Biso min: 31.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→41.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8438 0 72 168 8678
Biso mean--59.66 61.24 -
残基数----1122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78311805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0933055
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4980X-RAY DIFFRACTION8.223TORSIONAL
12B4980X-RAY DIFFRACTION8.223TORSIONAL
13C4980X-RAY DIFFRACTION8.223TORSIONAL
14D4980X-RAY DIFFRACTION8.223TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.45131430.37034350449399
2.46-2.540.44491790.35614353453299
2.54-2.620.40321310.31644365449699
2.62-2.710.35161360.27684403453999
2.71-2.820.37361400.2694395453599
2.82-2.950.33521360.26794406454299
2.95-3.110.3521530.26544376452999
3.11-3.30.30511520.25074386453899
3.3-3.550.27781560.23594364452098
3.55-3.910.23291480.20184373452198
3.91-4.480.16371230.16094296441996
4.48-5.640.17341390.14824403454297
5.64-41.410.20161370.16614502463997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
122.00071.99911.99921.99962.0005-0.14610.33960.2744-0.36270.11490.0783-0.00520.0587-0.33140.47340.1683-0.14150.5397-0.10620.497787.67536.85230.999
26.5195-0.20250.27793.9054-0.1585.01460.0828-0.31330.4358-0.3311-0.331-0.0693-0.5935-1.0872-0.05290.4980.19920.05280.4515-0.00320.456539.22261.55888.62
36.2821-0.07890.65112.8176-0.66825.98040.17810.5308-0.355-0.1837-0.11780.1656-0.015-0.2395-0.04750.49850.11830.01670.5962-0.00190.449143.58253.59984.837
43.3485-0.577-2.66680.9656-0.27444.37230.045-0.27030.13960.08910.096-0.0216-0.3235-0.0363-0.09140.5390.155-0.01690.7606-0.05320.432142.07257.367102.915
53.9713-1.45520.3643.9074-0.91092.64510.27130.4084-0.1166-0.1773-0.27550.2892-0.1088-0.03930.01640.36620.08370.00520.5218-0.03990.326264.47148.8979.036
65.97916.12291.3366.48480.08798.00350.0148-0.548-0.6960.4692-0.04030.36270.13780.04870.05980.5356-0.04460.07280.37660.0120.506968.4750.42988.839
75.10861.4323-0.83353.39480.90095.17860.16230.30550.0276-0.42340.01390.4155-0.5126-1.0754-0.13590.5160.2054-0.03430.71180.09420.544360.27460.22431.72
84.86170.5529-2.32633.76580.9141.83050.01080.5277-0.8291-0.40920.0120.27780.1102-0.105-0.00670.48950.1185-0.00310.7802-0.02840.494268.77151.75531.192
96.3409-0.288-3.32140.8233-0.68584.66550.0598-0.39780.24810.08310.11490.23-0.427-0.2424-0.14970.52770.15530.01750.63220.01840.455860.23459.27551.161
100.5194-0.90660.61761.6919-0.56975.69930.56710.68190.02310.6462-0.0584-0.2397-1.0438-0.909-0.45580.82370.1432-0.00380.69220.15010.594580.09964.52620.813
113.2526-1.34730.00173.5079-0.36411.84620.24260.613-0.1433-0.3471-0.26710.0984-0.143-0.02480.02760.44790.0688-0.00560.627-0.02380.327585.83748.93325.858
126.82186.0868-1.65616.85941.59676.9996-0.1613-0.1479-0.18930.2438-0.0884-0.1143-0.26310.25480.03570.54230.00960.01340.62360.04980.419789.62651.25735.438
134.7153-0.1617-1.15024.5922-0.40725.3604-0.0653-0.2729-0.49480.20190.0785-0.00230.2535-0.7103-0.07060.3619-0.08240.01790.63430.0590.49448.6230.538101.849
145.76490.80753.0427-0.19440.61372.8666-0.30730.4065-0.3231-0.22590.05790.2226-0.0303-0.4150.23660.6465-0.2256-0.09420.87610.02370.773433.46230.27888.544
153.54680.026-0.26853.3262-2.03364.13440.0111-0.3579-0.4690.1339-0.0437-0.03430.23530.20840.03230.3337-0.02290.01060.44560.03990.381169.57336.24393.925
162-2.54541.99999.67132.00051.99950.09580.64130.538-0.31260.29680.14740.1335-0.1094-0.49870.42350.092-0.0350.66510.02680.549166.63336.51283.043
173.86890.4835-1.01023.9034-0.73794.4979-0.17170.4422-0.39370.03260.4940.40360.2566-0.8539-0.34290.3441-0.05550.02670.51240.04970.571769.35332.63350.048
185.2618-0.64642.6534-0.52691.11471.7255-0.39351.1336-0.1858-0.16680.10870.0058-0.33890.21520.28720.6947-0.3424-0.08770.85060.11020.75154.54531.07634.998
193.49440.4695-0.12483.3106-0.94572.73180.0698-0.1132-0.45860.0391-0.0928-0.11180.07090.11180.02280.3004-0.0529-0.01580.3950.0030.364790.69237.58841.757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 301:301 )D301
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 0:23 )A0 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 24:74 )A24 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 75:193 )A75 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 194:280 )A194 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 301:301 )A301
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:44 )B1 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 45:74 )B45 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 75:179 )B75 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 180:193 )B180 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 194:280 )B194 - 280
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 301:301 )B301
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 1:74 )C1 - 74
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 75:179 )C75 - 179
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 180:279 )C180 - 279
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 301:301 )C301
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID -2:74 )D-2 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 75:179 )D75 - 179
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 180:279 )D180 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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