[日本語] English
万見
- PDB-6vgv: Crystal structure of VidaL intein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgv
タイトルCrystal structure of VidaL intein
要素VidaL
キーワードSPLICING / Intein / split intein / atypical intein / protein splicing
機能・相同性Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Beta Complex / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Burton, A.J. / Haugbro, M. / Parisi, E. / Muir, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37-GM086868 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Live-cell protein engineering with an ultra-short split intein.
著者: Burton, A.J. / Haugbro, M. / Parisi, E. / Muir, T.W.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VidaL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7327
ポリマ－16,1791
非ポリマー5536
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.122, 40.827, 36.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.452, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 VidaL


分子量: 16179.247 Da / 分子数: 1 / 変異: C4A, N142A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) with 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→26.95 Å / Num. obs: 17134 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 16.62 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 2567 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.323 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: VidaL SeMet structure

解像度: 1.65→26.95 Å / SU ML: 0.1386 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6494 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 844 4.93 %
Rwork0.1633 16283 -
obs0.1656 17127 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→26.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1132 0 36 114 1282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00551215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7961643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7991983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.750.26771360.19572567X-RAY DIFFRACTION94.64
1.75-1.890.21871390.17972708X-RAY DIFFRACTION99.41
1.89-2.080.25341260.17022741X-RAY DIFFRACTION99.79
2.08-2.380.20391430.16232741X-RAY DIFFRACTION99.9
2.38-2.990.21721530.17382733X-RAY DIFFRACTION100
2.99-26.950.18451470.14822793X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03522598440.0276904663311-2.291415227823.501814907120.4996167927375.380805656370.0340731558833-0.3392492017670.0170861635339-0.136019437958-0.0293905095778-0.246077118459-0.02088286429980.361997823791-0.003934044118630.08330654048910.0227852255035-0.01524107008380.1717076086720.01673844467230.14105763065324.3245340768-10.82924123765.6177069165
21.471557016310.395035312493-1.137876028330.6492221376510.02968378014172.734266340550.000154172910948-0.078565465708-0.03205871913660.0177309539267-0.04872642146530.0290070006723-0.0309601813080.07096914531020.05864017561020.08485501418380.0235357503663-0.02104799289620.07949390950820.009061990152390.1186846400648.87541121129-11.574695591311.5469785736
35.422580153161.899776225210.358877993851.68823961199-0.820578758466.54188847735-0.1141740471020.06240507432770.537601052137-0.02831605682810.09071231040260.34488808726-0.568502100434-0.165764550401-0.01688618159370.1592170453090.03932893489970.006665308079240.1031061380290.01806230143120.1664729959889.60182105234-11.42005807778.59840777664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 143 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る