PDB-6ve1: Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ve1

タイトル

Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH

要素

Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

キーワード

HYDROLASE / SUGAR BINDING PROTEIN / enzyme / deglycosylase / post-translational modification

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces plicatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: SAXS studies of X-ray induced disulfide bond damage: Engineering high-resolution insight from a low-resolution technique.
著者: Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.H.

履歴

登録	2019年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ve1.cif.gz	399.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ve1.ent.gz	328.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ve1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ve1_validation.pdf.gz	257.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ve1_full_validation.pdf.gz	257.2 KB	表示
XML形式データ	6ve1_validation.xml.gz	1.2 KB	表示
CIF形式データ	6ve1_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/6ve1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1edtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5g61-2 5g61-3 5g62-1 5g60-4 5g60-2 5g60-1 5g61-4 3hba-d 5g61-1 5g60-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

C: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

C: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.480, 99.480, 135.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H / DI-N-acetylchitobiosyl beta-N-acetylglucosaminidase H / Endoglycosidase H / Endo H / Mannosyl- ...DI-N-acetylchitobiosyl beta-N-acetylglucosaminidase H / Endoglycosidase H / Endo H / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetyl-glucosaminidase H 分子量: 30393.506 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 47-313 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces plicatus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04067, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 9 / 詳細: PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→41.031 Å / Num. obs: 74108 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.89
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 7330 / CC_1/2: 0.618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1EDT

1edt

解像度: 2.1→41.031 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	3647	4.93 %
R_work	0.2205	-	-
obs	0.2225	73963	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.5 Å² / B_iso mean: 16.786 Å² / B_iso min: 1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→41.031 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8111	0	6	1136	9253
B_iso mean	-	-	26.43	24.78	-
残基数	-	-	-	-	1069

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1276	0.3828	160	0.3451	2670	100
2.1276-2.1568	0.3141	125	0.311	2659	100
2.1568-2.1876	0.3233	131	0.2901	2703	100
2.1876-2.2202	0.3278	155	0.2597	2657	100
2.2202-2.2549	0.3142	128	0.2647	2668	100
2.2549-2.2919	0.2991	146	0.2608	2678	100
2.2919-2.3314	0.3252	153	0.2487	2665	100
2.3314-2.3738	0.2727	149	0.2374	2674	100
2.3738-2.4195	0.2662	140	0.2353	2688	100
2.4195-2.4688	0.3065	151	0.2354	2673	100
2.4688-2.5225	0.2702	140	0.2259	2676	100
2.5225-2.5812	0.2844	137	0.2222	2691	100
2.5812-2.6457	0.2731	129	0.2153	2694	100
2.6457-2.7172	0.2724	125	0.2176	2697	100
2.7172-2.7972	0.294	147	0.2292	2690	100
2.7972-2.8874	0.2923	125	0.2054	2727	100
2.8874-2.9906	0.2344	139	0.2098	2700	100
2.9906-3.1103	0.2781	132	0.2053	2722	100
3.1103-3.2518	0.2091	132	0.2023	2688	100
3.2518-3.4232	0.2329	125	0.1976	2736	100
3.4232-3.6375	0.2353	141	0.1881	2703	100
3.6375-3.9182	0.2065	132	0.1834	2749	100
3.9182-4.3121	0.2233	145	0.1695	2725	99
4.3121-4.9352	0.1727	169	0.1696	2721	99
4.9352-6.2143	0.2464	150	0.2168	2795	100
6.2143-41.031	0.2478	141	0.2528	2867	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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