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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ve1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH | ||||||
![]() | Endo-beta-N-acetylglucosaminidase H | ||||||
![]() | HYDROLASE / SUGAR BINDING PROTEIN / enzyme / deglycosylase / post-translational modification | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SAXS studies of X-ray induced disulfide bond damage: Engineering high-resolution insight from a low-resolution technique. 著者: Stachowski, T.R. / Snell, M.E. / Snell, E.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 399.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 328.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 257.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 257.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1edtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30393.506 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 47-313 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04067, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 9 / 詳細: PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→41.031 Å / Num. obs: 74108 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 7330 / CC1/2: 0.618 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1EDT 解像度: 2.1→41.031 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.22
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.5 Å2 / Biso mean: 16.786 Å2 / Biso min: 1.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→41.031 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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