[日本語] English
万見
- PDB-6vc1: Octreotide oxalate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vc1
タイトルOctreotide oxalate
要素Octreotide
キーワードDE NOVO PROTEIN / octreotide / somatostatin-14 analogue
機能・相同性OXALATE ION
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法粉末回折 / シンクロトロン
データ登録者Spiliopoulou, M. / Karavassili, F. / Triandafillidis, D. / Valmas, A. / Kosinas, C. / Fili, S. / Barlos, K. / Barlos, K.K. / Morin, M. / Reinle-Schmitt, M. ...Spiliopoulou, M. / Karavassili, F. / Triandafillidis, D. / Valmas, A. / Kosinas, C. / Fili, S. / Barlos, K. / Barlos, K.K. / Morin, M. / Reinle-Schmitt, M. / Gozzo, F. / Margiolaki, I.
資金援助 ギリシャ, European Union, 2件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)3051 ギリシャ
General Secretariat for Research and Technology (GSRT)European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2021
タイトル: New perspectives in macromolecular powder diffraction using single-photon-counting strip detectors: high-resolution structure of the pharmaceutical peptide octreotide.
著者: Spiliopoulou, M. / Karavassili, F. / Triandafillidis, D.P. / Valmas, A. / Fili, S. / Kosinas, C. / Barlos, K. / Barlos, K.K. / Morin, M. / Reinle-Schmitt, M.L. / Gozzo, F. / Margiolaki, I.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 250 REFINEMENT. PROGRAM : GSAS AUTHORS : LARSON & VON DREELE DATA USED IN REFINEMENT RESOLUTION RANGE ... REFINEMENT. PROGRAM : GSAS AUTHORS : LARSON & VON DREELE DATA USED IN REFINEMENT RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 1.87 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 74.45 POWDER DIFFRACTION DATA. FIT TO DATA USED IN REFINEMENT NUMBER OF POWDER PATTERNS : 2 PROFILE R VALUES (%) : 6.29 5.61 WEIGHTED PROFILE R VALUES (%) : 8.44 7.40 F**2 R VALUES (%) : 45.95 43.29 NUMBERS OF POWDER PATTERN POINTS : 30815 29392 NUMBERS OF REFLECTIONS : 4926 4876 TOTAL NUMBER OF POWDER POINTS : 60207 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. PROTEIN ATOMS : NUCLEIC ACID ATOMS : HETEROGEN ATOMS : SOLVENT ATOMS : MODEL REFINEMENT. NUMBER OF LEAST-SQUARES PARAMETERS : 48 NUMBER OF RESTRAINTS : 968 LEAST-SQUARES MATRIX BAND WIDTH : 48 MARQUARDT COEFFICIENT : 8.49 RMS DEVIATIONS FROM RESTRAINT TARGET VALUES. NUMBER. INTERATOMIC DISTANCES (A) :0.014 300 BOND ANGLES (DEG) : 1.61 375 DISTANCES FROM RESTRAINT PLANES (A) :0.015 108 TORSION ANGLE RESTRAINTS (E) : 0.53 45 CHIRAL VOLUMES (A**3) :0.106 30 TORSION PSEUDOPOTENTIAL RESTRAINTS (E) : 4.22 23 ANTI-BUMPING DISTANCE RESTRAINTS (A) :0.029 50 HYDROGEN BOND DISTANCE RESTRAINTS (A) :0.345 37

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Octreotide
B: Octreotide
C: Octreotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1974
ポリマ－3,1093
非ポリマー881
水55831
1
A: Octreotide
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 1.12 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1242
ポリマ－1,0361
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Octreotide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0361
ポリマ－1,0361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Octreotide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0361
ポリマ－1,0361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Octreotide


分子量: 1036.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#2: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 粉末回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.8232.5
21.8232.5
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2981蒸発脱水法, recrystallization0.2 M oxalic acid 434 mg mL-1 octreotide acetate 322.8 K until almost complete evaporation Redesolution in ddH2O 298 K until almost complete evaporation Repeat until crystal formation
2982蒸発脱水法, recrystallization0.2 M oxalic acid 500 mg mL-1 octreotide acetate 322.8 K until almost complete evaporation Redesolution in ddH2O 298 K until almost complete evaporation Repeat until crystal formation

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: SLS BEAMLINE X04SA / 波長: 1.3004392 Å
検出器タイプ: MYTHEN II Silicon Solid State 1D detector system / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3004392 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア名称: GSAS / 分類: 精密化 / Contact author: A.C. Larson, R.B. Von Dreele / 日付: 2014 / 解説: General Structure Analysis System

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る