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万見
- PDB-6var: 61 nt human Hepatitis B virus epsilon pre-genomic RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6var
タイトル61 nt human Hepatitis B virus epsilon pre-genomic RNA
要素RNA (61-MER)
キーワードRNA / non-coding RNA / viral RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者LeBlanc, R.M. / Kasprzak, W.K. / Longhini, A.P. / Abulwerdi, F. / Ginocchio, S. / Shields, B. / Nyman, J. / Svirydava, M. / Del Vecchio, C. / Ivanic, J. ...LeBlanc, R.M. / Kasprzak, W.K. / Longhini, A.P. / Abulwerdi, F. / Ginocchio, S. / Shields, B. / Nyman, J. / Svirydava, M. / Del Vecchio, C. / Ivanic, J. / Schneekloth, J.S. / Dayie, T.K. / Shapiro, B.A. / Le Grice, S.F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2021
タイトル: Structural insights of the conserved "priming loop" of hepatitis B virus pre-genomic RNA.
著者: LeBlanc, R.M. / Kasprzak, W.K. / Longhini, A.P. / Olenginski, L.T. / Abulwerdi, F. / Ginocchio, S. / Shields, B. / Nyman, J. / Svirydava, M. / Del Vecchio, C. / Ivanic, J. / Schneekloth Jr., ...著者: LeBlanc, R.M. / Kasprzak, W.K. / Longhini, A.P. / Olenginski, L.T. / Abulwerdi, F. / Ginocchio, S. / Shields, B. / Nyman, J. / Svirydava, M. / Del Vecchio, C. / Ivanic, J. / Schneekloth Jr., J.S. / Shapiro, B.A. / Dayie, T.K. / Le Grice, S.F.J.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (61-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5411
ポリマ－19,5411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (61-MER)


分子量: 19541.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
172isotropic22D 1H-1H NOESY
181isotropic22D 1H-1H NOESY
191isotropic13D HCN
1102isotropic12D HNCCNCH
1113isotropic1Filter/Edit NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.8 mM [U-13C; U-15N] RNA (61-MER), 100% D2O13C/15N_D2O100% D2O
solution20.8 mM [U-13C; U-15N] RNA (61-MER), 90% H2O/10% D2O13C/15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution30.7 mM 13C-selective RNA (61-MER), 100% D2Oselective-UGC-C1'-A-C2'100% D2OThis sample was made from 13C-C1',C6/6-UGC and 13C-C2',C8-A rNTPs made in-house
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMRNA (61-MER)[U-13C; U-15N]1
0.8 mMRNA (61-MER)[U-13C; U-15N]2
0.7 mMRNA (61-MER)13C-selective3
試料状態詳細: sodium phosphate buffer / イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AscendBrukerAscend8001
Bruker Ultrashield PlusBrukerUltrashield Plus6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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