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- PDB-6v7n: Crystal Structure of a human Lysosome Resident Glycoprotein, Lyso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7n
タイトルCrystal Structure of a human Lysosome Resident Glycoprotein, Lysosomal Acid Lipase, and its Implications in Cholesteryl Ester Storage Disease (CESD)
要素Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
キーワードHYDROLASE / Lysosomal acid lipase / Cholesteryl Ester Storage Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokine production / sterol esterase / sterol ester esterase activity / low-density lipoprotein particle clearance / tissue remodeling / lipase activity / LDL clearance / sterol metabolic process / lipid catabolic process / homeostasis of number of cells within a tissue ...cytokine production / sterol esterase / sterol ester esterase activity / low-density lipoprotein particle clearance / tissue remodeling / lipase activity / LDL clearance / sterol metabolic process / lipid catabolic process / homeostasis of number of cells within a tissue / lysosomal lumen / lung development / cell morphogenesis / fibrillar center / cell population proliferation / lysosome / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Lipase, eukaryotic / Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Han, S.
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of human lysosomal acid lipase and its implications in cholesteryl ester storage disease.
著者: Rajamohan, F. / Reyes, A.R. / Tu, M. / Nedoma, N.L. / Hoth, L.R. / Schwaid, A.G. / Kurumbail, R.G. / Ward, J. / Han, S.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
B: Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,24010
ポリマ－87,4392
非ポリマー1,8018
水2,792155
1
A: Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4614
ポリマ－43,7201
非ポリマー7423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7786
ポリマ－43,7201
非ポリマー1,0595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.145, 165.486, 60.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Lysosomal acid lipase/cholesteryl ester hydrolase / LAL / Cholesteryl esterase / Lipase A / Sterol esterase


分子量: 43719.535 Da / 分子数: 2 / 変異: N51Q, N80Q, N300Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIPA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P38571, sterol esterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M CH3COONa, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 500K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→97.1 Å / Num. obs: 30000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.622→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 1.361 / Num. unique obs: 1991 / CC1/2: 0.797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HLG

1hlg


解像度: 2.62→83.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.541 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.567 / SU Rfree Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1518 5.07 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 29950 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 156.49 Å2 / Biso mean: 58.59 Å2 / Biso min: 21.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.5927 Å20 Å20 Å2
2--9.6612 Å20 Å2
3---4.9315 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→83.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5973 0 113 155 6241
Biso mean--90.45 52.85 -
残基数----739
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1048HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6276HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion802SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7012SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6276HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8551HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.48
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 143 4.96 %
Rwork0.2224 2738 -
all0.2244 2881 -
obs--99.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3905-0.52080.06261.6206-0.23652.16390.04750.0852-0.0426-0.0594-0.11040.2295-0.0467-0.46110.063-0.05380.0579-0.0027-0.1134-0.0578-0.11629.896325.15840.8897
21.16710.23540.20812.10480.33322.15520.0162-0.0630.0647-0.037-0.0002-0.3498-0.23330.4357-0.016-0.0812-0.07970.0001-0.1294-0.0129-0.101364.454721.487-27.888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A9 - 384
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B9 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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