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- PDB-6v6l: Co-structure of human glycogen synthase kinase beta with 1-(6-((2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6l
タイトルCo-structure of human glycogen synthase kinase beta with 1-(6-((2-((6-amino-5-nitropyridin-2-yl)amino)ethyl)amino)-2-(2,4-dichlorophenyl)pyridin-3-yl)-4-methylpiperazin-2-one
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / heart valve development / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / regulation of long-term synaptic potentiation / Wnt signalosome / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / tau-protein kinase activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / ER overload response / glycogen metabolic process / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / epithelial to mesenchymal transition / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / hippocampus development / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / excitatory postsynaptic potential / mitochondrion organization / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Wnt signaling pathway / circadian rhythm / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of protein catabolic process / neuron projection development / Regulation of RUNX2 expression and activity / kinase activity / positive regulation of protein binding / p53 binding / positive regulation of neuron apoptotic process / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynapse
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-QQA / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Bussiere, D.E. / Fang, E. / Shu, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery and optimization of novel pyridines as highly potent and selective glycogen synthase kinase 3 inhibitors.
著者: Ramurthy, S. / Pfister, K.B. / Boyce, R.S. / Brown, S.P. / Costales, A.Q. / Desai, M.C. / Fang, E. / Levine, B.H. / Ng, S.C. / Nuss, J.M. / Ring, D.B. / Shafer, C.M. / Shu, W. / Subramanian, ...著者: Ramurthy, S. / Pfister, K.B. / Boyce, R.S. / Brown, S.P. / Costales, A.Q. / Desai, M.C. / Fang, E. / Levine, B.H. / Ng, S.C. / Nuss, J.M. / Ring, D.B. / Shafer, C.M. / Shu, W. / Subramanian, S. / Wagman, A.S. / Wang, H. / Bussiere, D.E.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 2.02022年6月29日Group: Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5083
ポリマ－46,8811
非ポリマー6262
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.080, 64.760, 58.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 46881.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-QQA / 1-(6-((2-((6-amino-5-nitropyridin-2-yl)amino)ethyl)amino)-2-(2,4-dichlorophenyl)pyridin-3-yl)-4-methylpiperazin-2-one


分子量: 531.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24Cl2N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 7-12% (w:v) PEG 6000 and 5-8% MPD (v:v)

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→25.01 Å / Num. obs: 20146 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.614 / Num. unique obs: 1514

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
CrystalClearデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B8J

6b8j


解像度: 2.19→24.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.351 / SU Rfree Blow DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1015 5.04 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 20146 96.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.32 Å2 / Biso mean: 29.4 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0352 Å20 Å2-4.6723 Å2
2---3.3506 Å20 Å2
3---3.3858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 41 423 3147
Biso mean--28.32 45.61 -
残基数----344
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1149SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes837HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5394HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6157SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5394HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9726HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.03
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 24 5.96 %
Rwork0.232 379 -
all0.2313 403 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3263-0.26320.12640.1616-0.00370.341-00.0028-0.0035-0.002-0.0006-0.0030.00670.00330.00070.00910.00840.00730.01940.00360.01512.2541-1.9476-21.033
20.5242-0.4323-0.15820.2553-0.2243-0.07330.00190.0005-0.0025-0.0026-0.0037-0.0013-0.00230.00380.0018-0.00840.02090.010.00860.00440.00667.91570.9062-16.5484
30.8969-0.1119-0.42560.0097-0.5373-0.06150.00310.0062-0.00370.00160.0001-0.0008-0.00180.0074-0.0032-0.00420.022500.00240.0230.01151.35235.2384-17.9573
40.8617-0.5103-0.22520.20360.34780.5561-0.0007-0.00970.00690.0151-0.0052-0.00880.00680.01060.006-0.00010.0014-0.01280.00010.0072-0.0058-11.2479.5168-8.2644
50.11830.0379-0.11350.38410.29680.1167-0.0017-0.00890.0020.00640.0005-0.00120.00080.00180.00110.0133-0.00490.00060.0043-0.0047-0.0043-22.280417.87255.2556
60.23440.02710.04070.0710.2590.42360.00190.01090.0037-0.0039-0.00370.0032-0.0068-0.00660.00180.01520.0069-0.0033-0.00050.00650.0038-23.853811.274-13.19
70.20870.03330.11220.26240.17920.3763-0.00090.0144-0.0016-0.0066-0.00380.00240.00250.00110.00480.0167-0.0077-0.0030.00170.00030.0023-21.5953-0.901-25.475
80.0023-0.0078-0.003500.0016-0.00130.000100.00030.0005-0.0002-0.0002-0.0004-0.00020-0.00370.00410.0041-0.0029-0.0014-0.00042.497410.1677-17.4046
90.0002-0.0002-0.00020-0.0003-0.00010-0-000-0.000100.0001-00.0006-0-0.0008-0.00030.0011-0.0008-2.81380.30423.3028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|37 - A|67 }A37 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|68 - A|100 }A68 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|101 - A|154 }A101 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|155 - A|273 }A155 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|274 - A|304 }A274 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|305 - A|344 }A305 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|345 - A|384 }A345 - 384
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|501 - A|501 }B1
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|502 - A|502 }E1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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