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- PDB-6v4w: The crystal structure of a beta-lactamase from Chitinophaga pinen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4w
タイトルThe crystal structure of a beta-lactamase from Chitinophaga pinensis DSM 2588
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Class A beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Chitinophaga pinensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Tan, K. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a beta-lactamase from Chitinophaga pinensis DSM 2588
著者: Tan, K. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,80715
ポリマ－61,1052
非ポリマー70213
水9,710539
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8127
ポリマ－30,5531
非ポリマー2606
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9958
ポリマ－30,5531
非ポリマー4427
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.702, 76.313, 89.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30552.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis (strain ATCC 43595 / DSM 2588 / NCIB 11800 / UQM 2034) (バクテリア)
株: ATCC 43595 / DSM 2588 / NCIB 11800 / UQM 2034 / 遺伝子: Cpin_1435 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: C7PRN9, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 552分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M MES:NaOH, 25% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 127393 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 3.11 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6253 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 0.961 / Χ2: 3.1 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G58

5g58


解像度: 1.29→38.48 Å / SU ML: 0.1379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 6346 5 %random
Rwork0.1606 ---
obs0.1619 127043 97.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 35 539 4736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054359
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84715919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0746688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.44761603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.30.31851850.27873557X-RAY DIFFRACTION86.78
1.3-1.320.29711940.26193851X-RAY DIFFRACTION94.18
1.32-1.340.25912230.25343902X-RAY DIFFRACTION96.76
1.34-1.350.2882080.23724099X-RAY DIFFRACTION99.31
1.35-1.370.28211770.23534088X-RAY DIFFRACTION99.46
1.37-1.390.25452110.22814062X-RAY DIFFRACTION99.51
1.39-1.410.26612430.22724063X-RAY DIFFRACTION99.29
1.41-1.430.26032090.21294067X-RAY DIFFRACTION99.19
1.43-1.450.2472430.19394004X-RAY DIFFRACTION98.58
1.45-1.480.22692040.17984005X-RAY DIFFRACTION98.32
1.48-1.50.20452050.16344064X-RAY DIFFRACTION98.45
1.5-1.530.17841950.15863973X-RAY DIFFRACTION96.71
1.53-1.560.19872040.15573980X-RAY DIFFRACTION96.74
1.56-1.590.21262090.15034097X-RAY DIFFRACTION99.58
1.59-1.630.18472290.14784075X-RAY DIFFRACTION99.38
1.63-1.660.19332090.1384064X-RAY DIFFRACTION99.16
1.66-1.70.16672040.13534095X-RAY DIFFRACTION99.26
1.7-1.750.172290.13424096X-RAY DIFFRACTION99.29
1.75-1.80.18122230.1444033X-RAY DIFFRACTION98.79
1.8-1.860.18362090.14754070X-RAY DIFFRACTION98.07
1.86-1.930.18332030.14283948X-RAY DIFFRACTION95.84
1.93-20.17732080.14174107X-RAY DIFFRACTION99.2
2-2.10.17742170.1434121X-RAY DIFFRACTION99.45
2.1-2.210.16312320.14474093X-RAY DIFFRACTION99.2
2.21-2.340.17571880.14934105X-RAY DIFFRACTION98.08
2.34-2.520.16552100.15994103X-RAY DIFFRACTION98.52
2.52-2.780.18922280.17083992X-RAY DIFFRACTION95.65
2.78-3.180.192240.1694046X-RAY DIFFRACTION96.15
3.18-4.010.17662190.15283945X-RAY DIFFRACTION93.18
4.01-38.480.1682040.16123992X-RAY DIFFRACTION90.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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