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- PDB-6v4v: The crystal structure of BonA from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4v
タイトルThe crystal structure of BonA from Acinetobacter baumannii
要素BON domain protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Periplasmic (ペリプラズム) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Divisome Protein / Cell Motility (運動性) / Outer-membrane stability
機能・相同性BON domain profile. / BON domain / BON domain / BON domain protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Grinter, R.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106077/Z/14/Z オーストラリア
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: BonA from Acinetobacter baumannii Forms a Divisome-Localized Decamer That Supports Outer Envelope Function.
著者: Grinter, R. / Morris, F.C. / Dunstan, R.A. / Leung, P.M. / Kropp, A. / Belousoff, M. / Gunasinghe, S.D. / Scott, N.E. / Beckham, S. / Peleg, A.Y. / Greening, C. / Li, J. / Heinz, E. / Lithgow, T.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BON domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9085
ポリマ－20,6471
非ポリマー2624
水2,756153
1
A: BON domain protein
ヘテロ分子

A: BON domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,81710
ポリマ－41,2932
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area3990 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.052, 60.052, 99.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

21A-395-

HOH

31A-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BON domain protein / BON domain-containing protein / Outer membrane lipoprotein / Periplasmic or secreted lipoprotein


分子量: 20646.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: A7M79_12275 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VFJ0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.2 M Zn Acetate, 0.1 M Na Acetate, 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月17日 / 詳細: Yes
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.07 Å / Num. obs: 25589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.675 / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.777 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→35.904 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1294 5.07 %
Rwork0.1883 --
obs0.1895 25542 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.69 Å2 / Biso mean: 38.1331 Å2 / Biso min: 18.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→35.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 4 153 1260
Biso mean--45.77 48.46 -
残基数----143
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.2099 Å / Origin y: 47.0654 Å / Origin z: 39.8639 Å
111213212223313233
T0.183 Å2-0.0046 Å20.0271 Å2-0.2468 Å2-0.0014 Å2--0.1946 Å2
L2.5571 °20.416 °2-0.61 °2-0.9759 °2-0.106 °2--1.8783 °2
S-0.1874 Å °0.07 Å °-0.0341 Å °0.0528 Å °0.039 Å °0.1763 Å °0.1522 Å °-0.4291 Å °0.1274 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1allS3 - 162
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allB4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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