+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v4v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of BonA from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | BON domain protein | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Periplasmic / Lipoprotein / Divisome Protein / Cell Motility / Outer-membrane stability | ||||||
機能・相同性 | BON domain profile. / BON domain / BON domain / BON domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Grinter, R. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: BonA from Acinetobacter baumannii Forms a Divisome-Localized Decamer That Supports Outer Envelope Function. 著者: Grinter, R. / Morris, F.C. / Dunstan, R.A. / Leung, P.M. / Kropp, A. / Belousoff, M. / Gunasinghe, S.D. / Scott, N.E. / Beckham, S. / Peleg, A.Y. / Greening, C. / Li, J. / Heinz, E. / Lithgow, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v4v.cif.gz | 76.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6v4v.ent.gz | 59.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v4v_validation.pdf.gz | 421.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6v4v_full_validation.pdf.gz | 421.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v4v_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v4v_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20646.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: A7M79_12275 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VFJ0 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.2 M Zn Acetate, 0.1 M Na Acetate, 20 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月17日 / 詳細: Yes |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→46.07 Å / Num. obs: 25589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.675 / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.777 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→35.904 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.48
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.69 Å2 / Biso mean: 38.1331 Å2 / Biso min: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→35.904 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.2099 Å / Origin y: 47.0654 Å / Origin z: 39.8639 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|