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万見
- PDB-6v40: Structure of Salmonella Typhi TtsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v40
タイトルStructure of Salmonella Typhi TtsA
要素PG_binding_3 domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Muramidase Lysozyme-like Peptidoglycan-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / Glycoside hydrolase family 108 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Galan, J.E. / Lara-Tejero, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R01AI114618-06 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Mechanisms of substrate recognition by a typhoid toxin secretion-associated muramidase.
著者: Geiger, T. / Lara-Tejero, M. / Xiong, Y. / Galan, J.E.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PG_binding_3 domain-containing protein
B: PG_binding_3 domain-containing protein
C: PG_binding_3 domain-containing protein
D: PG_binding_3 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3289
ポリマ－89,4454
非ポリマー8835
水5,855325
1
A: PG_binding_3 domain-containing protein
C: PG_binding_3 domain-containing protein
ヘテロ分子

A: PG_binding_3 domain-containing protein
C: PG_binding_3 domain-containing protein
ヘテロ分子

B: PG_binding_3 domain-containing protein
D: PG_binding_3 domain-containing protein
ヘテロ分子

B: PG_binding_3 domain-containing protein
D: PG_binding_3 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,65618
ポリマ－178,8908
非ポリマー1,76610
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area24750 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area63950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.985, 138.607, 135.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-363-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA7 - 1967 - 196
21ARGARGBB7 - 1967 - 196
12ARGARGAA8 - 1968 - 196
22ARGARGCC8 - 1968 - 196
13ARGARGAA8 - 1968 - 196
23ARGARGDD8 - 1968 - 196
14ARGARGBB8 - 1968 - 196
24ARGARGCC8 - 1968 - 196
15ARGARGBB8 - 1968 - 196
25ARGARGDD8 - 1968 - 196
16LEULEUCC8 - 1978 - 197
26LEULEUDD8 - 1978 - 197

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
PG_binding_3 domain-containing protein


分子量: 22361.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1889 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z6A5
#2: 化合物
ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 0.1 m NaCl, and 18% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.41 Å / Num. obs: 73442 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.891 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.37
反射 シェル解像度: 2.104→2.179 Å / Rmerge(I) obs: 0.964 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 6414 / CC1/2: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.104→43.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.828 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.146
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 3698 5 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1928 69710 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.96 Å2 / Biso mean: 51.216 Å2 / Biso min: 27.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6116 0 60 325 6501
Biso mean--50.6 52.47 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.6518624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5311.58713416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5245772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31820.672387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.337151064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2491565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021466
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A61760.1
12B61760.1
21A58210.13
22C58210.13
31A59040.13
32D59040.13
41B58850.14
42C58850.14
51B59360.14
52D59360.14
61C60150.11
62D60150.11
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.159 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 228 -
Rwork0.296 4265 -
all-4493 -
obs--82.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6358-0.06230.15510.9214-0.52320.36760.0081-0.15430.2915-0.1297-0.0441-0.02050.14350.00170.03610.11810.0107-0.03480.122-0.02510.179268.17811.9017.995
20.739-0.1876-0.36430.12670.06610.79220.02890.0702-0.05350.0075-0.03220.13270.01410.14270.00330.047900.02190.0607-0.02140.183990.35836.893-10.882
30.804-0.16810.0440.15670.07470.2062-0.0442-0.04410.122-0.05610.0574-0.1083-0.0284-0.001-0.01320.0633-0.0627-0.00450.0820.02510.180247.77134.365-1.666
40.1314-0.3301-0.05630.93070.09470.50530.03250.008-0.0938-0.0384-0.06530.1812-0.0240.00910.03290.0384-0.03090.01210.036-0.02520.259269.78855.4574.483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 197
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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