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- PDB-6uxt: Crystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uxt
タイトルCrystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella flexneri
要素YfdX protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


YfdX protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2140 / Uncharacterised protein family YfdX / YfdX protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / YfdX family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.797 Å
データ登録者Chang, C. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella flexneri
著者: Chang, C. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfdX protein
B: YfdX protein
C: YfdX protein
D: YfdX protein
E: YfdX protein
F: YfdX protein
G: YfdX protein
H: YfdX protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,02812
ポリマ－162,3838
非ポリマー6454
水13,565753
1
A: YfdX protein
B: YfdX protein
C: YfdX protein
D: YfdX protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4486
ポリマ－81,1914
非ポリマー2562
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
2
E: YfdX protein
F: YfdX protein
G: YfdX protein
H: YfdX protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5806
ポリマ－81,1914
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12250 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.579, 92.920, 93.469
Angle α, β, γ (deg.)97.350, 98.440, 95.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
YfdX protein


分子量: 20297.846 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: yfdX, / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Y2P124
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 50mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.797→50 Å / Num. obs: 143645 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.833.50.47771830.8230.2960.5620.44691.4
1.83-1.863.60.40672150.8830.2480.4770.47191.6
1.86-1.93.60.3471560.9080.2060.3980.49891.1
1.9-1.943.70.27772000.9420.1670.3240.5291.6
1.94-1.983.70.24370290.9520.1460.2840.55389.4
1.98-2.033.70.269470.9670.120.2340.57589.2
2.03-2.083.60.16666690.9730.10.1950.65583.8
2.08-2.133.70.1572640.9780.090.1750.65793.1
2.13-2.23.70.12873250.9840.0770.1490.72894
2.2-2.273.70.11373320.9850.0680.1320.81492.3
2.27-2.353.80.171510.9860.060.1170.79991
2.35-2.443.70.08971150.9890.0530.1040.84790.7
2.44-2.553.70.08168470.9910.0480.0940.89787.4
2.55-2.693.80.07474630.9910.0440.0860.91594.7
2.69-2.863.80.06773840.9930.040.0780.96493.7
2.86-3.083.80.06272420.9940.0360.0721.11892.5
3.08-3.393.80.05570370.9940.0330.0641.389.7
3.39-3.883.80.04975060.9960.0290.0571.39195.4
3.88-4.883.80.04670940.9960.0270.0531.44290.3
4.88-503.80.04574860.9970.0270.0531.39895.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A02

6a02


解像度: 1.797→43.517 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 7201 5.01 %
Rwork0.1701 --
obs0.1716 143610 91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.5 Å2 / Biso mean: 32.3239 Å2 / Biso min: 15.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.797→43.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10010 0 42 753 10805
Biso mean--56.44 36.25 -
残基数----1306
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.797-1.81690.36592320.2962414083
1.8169-1.83830.32112550.2729455191
1.8383-1.86070.26892400.2398455492
1.8607-1.88430.24452440.2235457092
1.8843-1.90910.25692620.2074447390
1.9091-1.93520.22612250.1911460892
1.9352-1.96290.22522100.1838451290
1.9629-1.99220.24882210.1808449089
1.9922-2.02330.22692060.178442389
2.0233-2.05650.21772060.174411181
2.0565-2.09190.22392560.175450092
2.0919-2.130.21562430.179464293
2.13-2.1710.23092400.1799469894
2.171-2.21530.2252660.1784460992
2.2153-2.26340.20332780.1723459393
2.2634-2.31610.20552430.1665454492
2.3161-2.3740.21022250.17461192
2.374-2.43820.21372670.1766444689
2.4382-2.50990.21542470.1807415784
2.5099-2.59090.20092410.1748470794
2.5909-2.68350.20362790.1703472195
2.6835-2.79090.18482200.1713469994
2.7909-2.91790.21462550.1781465193
2.9179-3.07170.21772510.1872458092
3.0717-3.26410.20132320.1734427486
3.2641-3.5160.19762280.1731481296
3.516-3.86970.17192430.1582479196
3.8697-4.42920.15912190.1387467493
4.4292-5.57840.17772120.1499459092
5.5784-43.5170.17372550.1549467894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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