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- PDB-6uv0: Crystal structure of apo core domain of RNA helicase DDX17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uv0
タイトルCrystal structure of apo core domain of RNA helicase DDX17
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DEAD-box ATPase / RNA helicase / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle cell differentiation / miRNA metabolic process / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / myoblast differentiation / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / androgen receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / RNA processing ...regulation of skeletal muscle cell differentiation / miRNA metabolic process / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / myoblast differentiation / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / androgen receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / RNA processing / estrogen receptor signaling pathway / immune system process / SUMOylation of transcription cofactors / rRNA processing / defense response to virus / transcription coactivator activity / RNA helicase activity / nuclear speck / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD box protein 17, ATP-binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...DEAD box protein 17, ATP-binding domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Ngo, T.D. / Partin, A.C. / Nam, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: RNA Specificity and Autoregulation of DDX17, a Modulator of MicroRNA Biogenesis.
著者: Ngo, T.D. / Partin, A.C. / Nam, Y.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6163
ポリマ－102,5912
非ポリマー241
水1,76598
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3202
ポリマ－51,2961
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2961
ポリマ－51,2961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.649, 97.811, 154.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX17 / DEAD box protein 17 / DEAD box protein p72 / DEAD box protein p82 / RNA-dependent helicase p72


分子量: 51295.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92841, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 24% PEG, 0.26M NaSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.07218 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07218 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 32184 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1564 / Rrim(I) all: 0.824

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Apo DDX17

解像度: 2.601→48.906 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1998 6.22 %
Rwork0.213 --
obs0.216 32109 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 186.54 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 19.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.601→48.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6662 0 1 98 6761
Biso mean--30.29 47.89 -
残基数----829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6013-2.66630.35351330.2906200194
2.6663-2.73840.3741390.27209098
2.7384-2.8190.26971440.25682159100
2.819-2.90990.29551390.24472105100
2.9099-3.01390.28981400.25332109100
3.0139-3.13460.27661430.2432166100
3.1346-3.27720.3131420.24622136100
3.2772-3.450.28651440.22442153100
3.45-3.6660.28361420.20362143100
3.666-3.9490.25521440.19892171100
3.949-4.34620.22231430.18712166100
4.3462-4.97450.20971460.16412191100
4.9745-6.26530.23041470.2182224100
6.2653-48.9060.241520.2026229799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64670.2471-0.10793.9573-0.8971.85-0.0694-0.01450.1233-0.0407-0.0009-0.13230.01480.0270.07370.19190.0073-0.01760.2545-0.05920.2313.7778-26.8021-16.8873
25.5327-0.749-3.56722.78050.02532.37780.17710.67780.6942-0.07970.4080.6257-0.3248-0.9191-0.54470.39590.0494-0.08660.4970.04680.7207-1.7147-16.5551-16.6358
33.47894.7991-1.34237.0684-1.7043.2887-0.0612-0.18880.0867-0.2604-0.1154-0.0882-0.46220.01630.12880.6450.034-0.14320.43790.00850.8827-20.6243-1.2194-22.6796
41.48450.64930.11455.4297-1.43232.15380.08930.0721-0.2925-0.1595-0.1432-0.23870.28010.15140.06370.2940.05770.0310.31950.00830.262619.7587-3.4654-57.3428
51.99770.1031-0.15914.2619-4.38445.8855-0.46560.53931.08780.03270.28920.8444-0.5049-0.31880.19311.052-0.1478-0.2470.73060.20421.4241-15.6672-28.1357-56.9669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 281 )A40 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 282 through 313 )A282 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 475 )A314 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 42 through 310 )B42 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 311 through 468 )B311 - 468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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