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万見
- PDB-6urw: Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 4-(2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urw
タイトルCrystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 4-(2-thienylmethyl)benzoic acid
要素Ricin
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Ricin chain-A / RTA / Hydrolase / Toxin / Inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Li, X.P. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Tumer, N.E. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Small Molecule Inhibitors Targeting the Interaction of Ricin Toxin A Subunit with Ribosomes.
著者: Li, X.P. / Harijan, R.K. / Kahn, J.N. / Schramm, V.L. / Tumer, N.E.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,73025
ポリマ－30,0681
非ポリマー1,66224
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.615, 168.615, 54.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ricin


分子量: 30067.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-R7T / 4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid


分子量: 218.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Sodium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→146.02 Å / Num. obs: 18435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1891 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTC

1rtc


解像度: 2.4→146.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.377 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.206
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 902 4.9 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.187 17516 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.1 Å2 / Biso mean: 45.035 Å2 / Biso min: 28.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å2-0.39 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→146.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 107 99 2248
Biso mean--68.01 46.33 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9742906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96634638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5545259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05923.077104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58715326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0051521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02463
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 73 -
Rwork0.268 1247 -
all-1320 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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