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- PDB-6urq: Complex structure of human poly-ADP-ribosyltransferase TNKS1 ARC2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urq
タイトルComplex structure of human poly-ADP-ribosyltransferase TNKS1 ARC2-ARC3 and P antigen family member 4 (PAGE4)
要素
  • P antigen family member 4
  • Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
キーワードTransferase/Transcription / TNKS / PAGE4 / tankyrase / PARP / cancer-testis antigen / Wnt signaling / Transferase-Transcription complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of stress-activated MAPK cascade ...: / negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / regulation of stress-activated MAPK cascade / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / response to starvation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / mRNA transport / spindle assembly / nuclear pore / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / protein transport / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / response to oxidative stress / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / nuclear body / Ub-specific processing proteases / cell division / Golgi membrane / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GAGE family / GAGE / GAGE protein / GAGE / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...GAGE family / GAGE / GAGE protein / GAGE / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P antigen family member 4 / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zheng, Y. / Koirala, S. / Miller, D. / Potts, P.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP140661 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Tissue-Specific Regulation of the Wnt/ beta-Catenin Pathway by PAGE4 Inhibition of Tankyrase.
著者: Koirala, S. / Klein, J. / Zheng, Y. / Glenn, N.O. / Eisemann, T. / Fon Tacer, K. / Miller, D.J. / Kulak, O. / Lu, M. / Finkelstein, D.B. / Neale, G. / Tillman, H. / Vogel, P. / Strand, D.W. / ...著者: Koirala, S. / Klein, J. / Zheng, Y. / Glenn, N.O. / Eisemann, T. / Fon Tacer, K. / Miller, D.J. / Kulak, O. / Lu, M. / Finkelstein, D.B. / Neale, G. / Tillman, H. / Vogel, P. / Strand, D.W. / Lum, L. / Brautigam, C.A. / Pascal, J.M. / Clements, W.K. / Potts, P.R.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
C: P antigen family member 4
D: P antigen family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4256
ポリマ－92,2364
非ポリマー1882
水5,981332
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
D: P antigen family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2143
ポリマ－46,1182
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
C: P antigen family member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2103
ポリマ－46,1182
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.908, 101.035, 75.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.232, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-1 / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I / Tankyrase-1 / TANK1


分子量: 34948.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 P antigen family member 4 / PAGE-4 / G antigen family C member 1 / PAGE-1


分子量: 11170.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAGE4, GAGEC1, JM27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60829
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6
詳細: 100 mM Ammonium Sulfate, 10 mM DTT, 100 mM MES pH 6.0, 7% w/v PEG4000, 1% 1,6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.75 Å / Num. obs: 60143 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.24 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4432 / Rpim(I) all: 0.422 / Rrim(I) all: 0.834 / Rsym value: 0.718 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHASER(1.14_3260: ???)位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UTM

3utm


解像度: 2.05→39.75 Å / SU ML: 0.2466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 26.0844
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 2997 4.99 %
Rwork0.2042 57115 -
obs0.2062 60112 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4757 0 11 332 5100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8226588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.02221767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.32261370.28432664X-RAY DIFFRACTION98.38
2.08-2.120.33661400.27292701X-RAY DIFFRACTION98.51
2.12-2.160.28671460.26472708X-RAY DIFFRACTION98.65
2.16-2.20.33051470.26422691X-RAY DIFFRACTION98.75
2.2-2.240.29771450.24382692X-RAY DIFFRACTION98.78
2.24-2.290.32221390.24082695X-RAY DIFFRACTION98.85
2.29-2.350.2611440.23192685X-RAY DIFFRACTION98.95
2.35-2.410.28721540.23162723X-RAY DIFFRACTION99.14
2.41-2.470.31390.22592706X-RAY DIFFRACTION99.03
2.47-2.540.24731350.22372691X-RAY DIFFRACTION99.16
2.54-2.630.30611510.20742721X-RAY DIFFRACTION99.21
2.63-2.720.23371420.21072718X-RAY DIFFRACTION99.37
2.72-2.830.23191490.21372693X-RAY DIFFRACTION99.34
2.83-2.960.22641380.21522722X-RAY DIFFRACTION99.51
2.96-3.110.26121420.21932748X-RAY DIFFRACTION99.55
3.11-3.310.29011550.22112725X-RAY DIFFRACTION99.69
3.31-3.560.2621180.1972756X-RAY DIFFRACTION99.69
3.56-3.920.21551580.18542725X-RAY DIFFRACTION99.83
3.92-4.490.2111530.16662764X-RAY DIFFRACTION99.79
4.49-5.650.20681310.18432762X-RAY DIFFRACTION99.86
5.65-39.750.20531340.17942825X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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