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万見
- PDB-6urp: RDC refined solution structure of the insecticidal toxin Ta1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urp
タイトルRDC refined solution structure of the insecticidal toxin Ta1a
要素U1-agatoxin-Ta1a
キーワードTOXIN / Disulfide-rich peptides / peptides / Residual dipolar couplings / RDCs
機能・相同性Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone - #20 / Crustacean CHH/MIH/GIH neurohormone / toxin activity / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / U1-agatoxin-Ta1a
機能・相同性情報
生物種Eratigena agrestis (クモ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ramanujam, V. / Shen, Y. / Ying, J. / Mobli, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2019
タイトル: Residual Dipolar Couplings for Resolving Cysteine Bridges in Disulfide-Rich Peptides.
著者: Ramanujam, V. / Shen, Y. / Ying, J. / Mobli, M.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1-agatoxin-Ta1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7811
ポリマ－5,7811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 U1-agatoxin-Ta1a / U1-AGTX-Ta1a / Insecticidal toxin 1 / TaITX-1


分子量: 5781.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eratigena agrestis (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O46166
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D CT-HNCA
121isotropic22D IPAP-HSQC
231anisotropic12D IPAP-HSQC
341anisotropic12D IPAP-HSQC
151isotropic13D HNCO
261anisotropic13D HNCO
371anisotropic13D HNCO
181isotropic13D CT-HN(CO)CA
291anisotropic13D CT-HN(CO)CA
3101anisotropic13D CT-HN(CO)CA
1111isotropic12D 1H-15N TROSY
2121anisotropic12D 1H-15N TROSY
3131anisotropic12D 1H-15N TROSY
1141isotropic33D CT-HN(COCA)CB
2151anisotropic13D CT-HN(COCA)CB
1161isotropic33D HA[HB,HN](CACO)NH
1172isotropic23D HNHB

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM 13C/15N U1-agatoxin-Ta1a, 95% H2O/5% D2O13C/15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM 15N U1-agatoxin-Ta1a, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMU1-agatoxin-Ta1a13C/15N1
0.5 mMU1-agatoxin-Ta1a15N2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM phosphate buffer0 mMconditions_16.21 bar298 K
25.8 mg/ml of Pf1 phage, 20 mM phosphate buffer0 mMconditions_26.21 bar298 K
38% w/v of polyethylene glycol (PEG) based liquid crystal, 20 mM phosphate buffer0 mMconditions_36.21 bar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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