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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uqu | ||||||
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タイトル | Serendipitous Discovery of Aryl Boronic Acids as beta-Lactamase Inhibitors | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / boronic acid inhibitors / drug resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scapin, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Serendipitous discovery of aryl boronic acids as beta-lactamase inhibitors. 著者: Yang, S.W. / Pan, J. / Root, Y. / Scapin, G. / Xiao, L. / Su, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 728.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 729 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41024.316 Da / 分子数: 1 / 変異: R397A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q541D8, UniProt: P24735*PLUS, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PBC / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 18% PEG 3350, 10% isopropanol, 100 mM Imidazole, pH=6.5; seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.09→105.129 Å / Num. obs: 142039 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 8.2 / Net I/σ(I): 17.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.86 Å2 / Biso mean: 10.517 Å2 / Biso min: 3.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.0902→59.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.091→1.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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