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- PDB-6unz: Crystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6unz
タイトルCrystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania major
要素fumarate hydratase 2
キーワードLYASE / fumarate hydratase / fumarase / Leishmania major / holo
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding ...fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron-dependent fumarate hydratase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase alpha-type, catalytic domain / : / Fumarate hydratase (Fumerase) / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Fumarate hydratase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.195 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, ブラジル, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/22246-4 ブラジル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural and Biochemical Investigations of the [4Fe-4S] Cluster-Containing Fumarate Hydratase fromLeishmania major.
著者: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L.
履歴
登録2019年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fumarate hydratase 2
B: fumarate hydratase 2
C: fumarate hydratase 2
D: fumarate hydratase 2
E: fumarate hydratase 2
F: fumarate hydratase 2
G: fumarate hydratase 2
H: fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)535,10518
ポリマ－532,1088
非ポリマー2,99710
水543
1
A: fumarate hydratase 2
B: fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8225
ポリマ－133,0272
非ポリマー7953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area38010 Å2
手法PISA
2
C: fumarate hydratase 2
D: fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7304
ポリマ－133,0272
非ポリマー7032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area38240 Å2
手法PISA
3
E: fumarate hydratase 2
F: fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8225
ポリマ－133,0272
非ポリマー7953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9410 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area36210 Å2
手法PISA
4
G: fumarate hydratase 2
H: fumarate hydratase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7304
ポリマ－133,0272
非ポリマー7032
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area37050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.094, 66.072, 238.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 29 or (resid 30 and (name...
21(chain B and (resid 29 or (resid 30 and (name...
31(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...
41(chain D and (resid 29 through 31 or (resid 32...
51(chain E and (resid 29 or (resid 30 and (name...
61(chain F and (resid 29 or (resid 30 and (name...
71(chain G and (resid 29 or (resid 30 and (name...
81(chain H and (resid 29 or (resid 30 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 29 or (resid 30 and (name...A0
211(chain B and (resid 29 or (resid 30 and (name...B0
311(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...C0
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511(chain E and (resid 29 or (resid 30 and (name...E0
611(chain F and (resid 29 or (resid 30 and (name...F0
711(chain G and (resid 29 or (resid 30 and (name...G0
811(chain H and (resid 29 or (resid 30 and (name...H0

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要素

#1: タンパク質
fumarate hydratase 2


分子量: 66513.469 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: FH2, LMJF_29_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AE57, fumarate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% v/v PEG3350, 10 mM ammonium citrate tribasic, 16 mM sodium acetate trihydrate, 20 mM sodium formate, 6.4 mM ammonium tartrate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.195→50 Å / Num. obs: 75134 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.334 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 75134 / CC1/2: 0.334

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5L2R

5l2r


解像度: 3.195→49.708 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 688.99 / 位相誤差: 29.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 3885 5.17 %
Rwork0.2453 --
obs0.2585 75107 90.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.75 Å2 / Biso mean: 63.242 Å2 / Biso min: 15.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.195→49.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31159 0 76 3 31238
Biso mean--68.52 41.73 -
残基数----4260
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
12B16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
13C16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
14D16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
15E16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
16F16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
17G16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
18H16151X-RAY DIFFRACTION8.112TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.197-3.25210.32861590.30473031319073
3.2521-3.31120.33891640.29493156332076
3.3112-3.37490.38511590.29313074323376
3.3749-3.44380.31781660.28593188335476
3.4438-3.51860.351720.29473221339379
3.5186-3.60040.32391790.28313355353482
3.6004-3.69050.29321810.28213494367584
3.6905-3.79020.34141830.28243479366285
3.7902-3.90170.31431840.27233512369685
3.9017-4.02750.34771780.26393537371586
4.0275-4.17140.31491900.26973575376587
4.1714-4.33830.28821950.26063667386288
4.3383-4.53560.27581880.24073534372285
4.5356-4.77450.30752000.23693856405692
4.7745-5.07330.26132090.24563939414895
5.0733-5.46450.3242080.25343892410094
5.4645-6.01340.34492100.2623961417194
6.0134-6.88110.29852010.24093765396690
6.8811-8.66050.23792150.21823997421294
8.6605-46.75260.25082110.22874086429793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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