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万見
- PDB-6un8: Wild type ANT bound to neomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6un8
タイトルWild type ANT bound to neomycin
要素Aminoglycoside NucleotidylTransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / neomycin / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Kanamycin nucleotidyltransferase, C-terminal / KNTase C-terminal domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEOMYCIN / Kanamycin nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Selvaraj, B.
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2020
タイトル: "Catch and Release": a Variation of the Archetypal NucleotidylTransfer Reaction
著者: Selvaraj, B. / Kocaman, S. / Trifas, M. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside NucleotidylTransferase
B: Aminoglycoside NucleotidylTransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9055
ポリマ－57,6512
非ポリマー1,2543
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.661, 97.794, 102.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...
21(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A2 - 38
121(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A40 - 48
131(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A50 - 53
141(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A56 - 64
151(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A88 - 93
161(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A2 - 301
171(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A2 - 301
181(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A126 - 137
191(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A140 - 202
1101(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A204 - 2258
1111(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A230 - 28
1121(chain A and (resid 2 through 38 or resid 40...A230 - 253
211(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B2 - 38
221(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B40 - 48
231(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B50 - 53
241(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B66 - 86
251(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B88 - 93
261(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B95 - 104
271(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B106 - 111
281(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B113 - 124
291(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B126 - 137
2101(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B140 - 202
2111(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B204 - 225
2121(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B227 - 228
2131(chain B and (resid 2 through 38 or resid 40...B230 - 253

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside NucleotidylTransferase / ANT / Kanamycin nucleotidyltransferase


分子量: 28825.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: knt, kan / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P05057, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16-17% PEG 8K, 0.1 M Tris pH 7-8, 0.1-0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.649→50 Å / Num. obs: 68631 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.649→1.71 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 6808 / CC1/2: 0.931 / Rrim(I) all: 0.615 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNY

1kny


解像度: 1.65→50 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 1989 2.9 %
Rwork0.1736 --
obs0.1743 68577 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.3 Å2 / Biso mean: 27.0829 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 85 500 4627
Biso mean--31.06 36.99 -
残基数----505
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1358X-RAY DIFFRACTION1.714TORSIONAL
12B1358X-RAY DIFFRACTION1.714TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.65-1.68980.27191450.24460297
1.6898-1.73550.26881380.21954733100
1.7355-1.78660.24321460.2084730100
1.7866-1.84430.24211310.20434745100
1.8443-1.91020.23891380.2044768100
1.9102-1.98670.23221470.19084727100
1.9867-2.07710.19761510.19064740100
2.0771-2.18660.22151440.17954769100
2.1866-2.32360.17691400.1827476099
2.3236-2.5030.2111390.1791476999
2.503-2.75490.21891450.1845476999
2.7549-3.15340.20861370.1823481599
3.1534-3.97280.17721460.1527473997
3.9728-49.5580.15951420.1467492296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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