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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uld | ||||||
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タイトル | Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Mycobacterium tuberculosis with bound PLP forming a Schiff base with substrate Serine in one monomer and PLP forming a Schiff base with product Glycine in the other monomer | ||||||
要素 | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / Serine hydroxymethyltransferase / Mycobacterium tuberculosis / Pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / methyltransferase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Mycobacterium tuberculosis with bound PLP forming a Schiff base with substrate Serine in one monomer and PLP forming a Schiff ...タイトル: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Mycobacterium tuberculosis with bound PLP forming a Schiff base with substrate Serine in one monomer and PLP forming a Schiff base with product Glycine in the other monomer 著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uld.cif.gz | 411.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uld.ent.gz | 278.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6uld_validation.pdf.gz | 436.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6uld_full_validation.pdf.gz | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6uld_validation.xml.gz | 1.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6uld_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/6uld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/6uld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3h7fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 47372.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: glyA1, glyA, ERS124361_03156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9NP28, glycine hydroxymethyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 600分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GLY / | #4: 化合物 | ChemComp-SER / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MytuD.00783.a.A1.PS00175 at 20.2 mg/ml, incubated with 5 mM pyrazinoic acid, mixed 1:1 with 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.02 M of ...詳細: MytuD.00783.a.A1.PS00175 at 20.2 mg/ml, incubated with 5 mM pyrazinoic acid, mixed 1:1 with 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MES/imidazole, pH=6.5, 0.02 M of sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine. Tray: 311079g8, puck: ved0-8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月11日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 121439 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.088 % / Biso Wilson estimate: 25.784 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 18.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3H7F 解像度: 1.5→38.76 Å / SU ML: 0.1182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.8296
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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