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- PDB-6ufe: The structure of a potassium selective ion channel at atomic reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufe
タイトルThe structure of a potassium selective ion channel at atomic resolution
要素Transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / potassium ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transporter / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Sullivan, B. / Afonine, P.V. / Weiss, K.L.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: The structure of a potassium-selective ion channel reveals a hydrophobic gate regulating ion permeation.
著者: Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Kopec, W. / Sullivan, B. / Afonne, P.V. / Weiss, K.L. / de Groot, B.L. / Coates, L.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
B: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,88620
ポリマ－20,3922
非ポリマー1,49518
水1,49583
1
A: Transporter
ヘテロ分子

A: Transporter
ヘテロ分子

A: Transporter
ヘテロ分子

A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,30036
ポリマ－40,7844
非ポリマー2,51632
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area10670 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
2
B: Transporter
ヘテロ分子

B: Transporter
ヘテロ分子

B: Transporter
ヘテロ分子

B: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,24644
ポリマ－40,7844
非ポリマー3,46240
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area14370 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.860, 67.860, 89.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

K

21A-706-

K

31A-707-

K

41A-708-

K

51B-203-

K

61B-204-

K

71B-205-

K

81B-206-

K

-
要素

#1: タンパク質 Transporter / Voltage-gated potassium channel


分子量: 10195.952 Da / 分子数: 2 / 変異: D66Y, N68D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: A9485_19160, BACERE00184_02078, CJ306_03585, CN950_06075, CN980_22870, COI98_17615, CON37_12595
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164U772, UniProt: Q81HW2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: See paper for details

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 61537 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.34 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.23
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Num. unique obs: 3673 / CC1/2: 0.489

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OUF

3ouf


解像度: 1.2→21.459 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1477 2013 3.27 %
Rwork0.1326 --
obs0.1331 61528 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→21.459 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1431 0 88 83 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.031673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.092324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d157.09592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.36290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.03269
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2925 124 -
Rwork0.2876 3393 -
obs--78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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