PDB-6ufe: The structure of a potassium selective ion channel at atomic reso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufe

タイトル

The structure of a potassium selective ion channel at atomic resolution

要素

Transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ion channel / potassium ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium channel activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Sullivan, B. / Afonine, P.V. / Weiss, K.L.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: The structure of a potassium-selective ion channel reveals a hydrophobic gate regulating ion permeation.
著者: Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Kopec, W. / Sullivan, B. / Afonne, P.V. / Weiss, K.L. / de Groot, B.L. / Coates, L.

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufe.cif.gz	133.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufe.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ufe_validation.pdf.gz	269.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ufe_full_validation.pdf.gz	270.1 KB	表示
XML形式データ	6ufe_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	6ufe_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oufS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k08-1 3k04-1 3k03-1 3k06-1 3e86-1 3k0d-1 4rai-2 3e83-1 4pdv-1 4ro2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (3) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Transporter

B: Transporter

ヘテロ分子

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transporter

ヘテロ分子

A: Transporter

ヘテロ分子

A: Transporter

ヘテロ分子

A: Transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transporter

ヘテロ分子

B: Transporter

ヘテロ分子

B: Transporter

ヘテロ分子

B: Transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.860, 67.860, 89.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-705- K
2	1	A-706- K
3	1	A-707- K
4	1	A-708- K
5	1	B-203- K
6	1	B-204- K
7	1	B-205- K
8	1	B-206- K

#1: タンパク質	Transporter / Voltage-gated potassium channel 分子量: 10195.952 Da / 分子数: 2 / 変異: D66Y, N68D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) 遺伝子: A9485_19160, BACERE00184_02078, CJ306_03585, CN950_06075, CN980_22870, COI98_17615, CON37_12595 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164U772, UniProt: Q81HW2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: See paper for details

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 61537 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.34 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.23
反射シェル	解像度: 1.2→1.23 Å / Num. unique obs: 3673 / CC_1/2: 0.489

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OUF

3ouf

解像度: 1.2→21.459 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1477	2013	3.27 %
R_work	0.1326	-	-
obs	0.1331	61528	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→21.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1431	0	88	83	1602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.03	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	4.09	2324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	157.09	592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.36	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.03	269

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2925	124	-
R_work	0.2876	3393	-
obs	-	-	78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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