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- PDB-6ubw: MET Tyrosine Kinase Inhibition Enhances the Antitumor Efficacy of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ubw
タイトルMET Tyrosine Kinase Inhibition Enhances the Antitumor Efficacy of an HGF Antibody
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR / MET / Tyrosine Kinase / Inhibitor / Antitumor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / phagocytosis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / liver development / basal plasma membrane / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / excitatory postsynaptic potential / molecular function activator activity / receptor protein-tyrosine kinase / Negative regulation of MET activity / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / postsynapse / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-84S / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Lawson, J.D.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2017
タイトル: MET Tyrosine Kinase Inhibition Enhances the Antitumor Efficacy of an HGF Antibody.
著者: Farrell, P.J. / Matuszkiewicz, J. / Balakrishna, D. / Pandya, S. / Hixon, M.S. / Kamran, R. / Chu, S. / Lawson, J.D. / Okada, K. / Hori, A. / Mizutani, A. / Iwata, H. / de Jong, R. / Hibner, B. / Vincent, P.
履歴
登録2019年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2020年2月12日ID: 5UAF
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0633
ポリマ－38,5791
非ポリマー4852
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.414, 47.398, 160.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 38578.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1023-1360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-84S / N-(6-{difluoro[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-yl]methyl}imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl)cyclopropanecarboxamide


分子量: 449.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17F2N9O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% isopropanol, 10% PEG5000 MME, 0.06 M HEPES sodium, 0.04 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22773 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 123681
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.034.40.62210700.946195.5
2.03-2.074.70.52910970.973198
2.07-2.1150.54110900.995199.2
2.11-2.155.20.51111331.023199.7
2.15-2.25.40.4111050.985199.7
2.2-2.255.60.38411361.035199.8
2.25-2.315.60.36411141.109199.8
2.31-2.375.60.29711381.0141100
2.37-2.445.80.27811171.0131100
2.44-2.525.60.26111381.059199.8
2.52-2.615.60.22311051.031199.9
2.61-2.715.60.17611421.011199.9
2.71-2.845.60.15411461.02199.7
2.84-2.995.60.12911351.018199.7
2.99-3.175.50.11111491.024199.9
3.17-3.425.40.09411461.024199.8
3.42-3.765.30.08111651.014199.8
3.76-4.315.40.06611681.001199.8
4.31-5.435.70.05111880.9921100
5.43-505.80.04212911199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.885 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 1127 5 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1887 21568 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.48 Å2 / Biso mean: 42.276 Å2 / Biso min: 17.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---2.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 34 166 2564
Biso mean--33.7 41.15 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.9763337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88135433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2685291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94323.529102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.81515421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6741511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02559
LS精密化 シェル解像度: 2→2.047 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 74 -
Rwork0.254 1459 -
obs--93.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.5932 Å / Origin y: -0.8695 Å / Origin z: 16.3549 Å
111213212223313233
T0.1337 Å2-0.0219 Å20.0122 Å2-0.0715 Å20.0224 Å2--0.013 Å2
L1.8152 °20.4888 °2-0.6099 °2-2.6301 °2-0.039 °2--2.2344 °2
S0.0591 Å °-0.3471 Å °-0.1192 Å °0.5055 Å °-0.0916 Å °0.0648 Å °0.2686 Å °0.0243 Å °0.0325 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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