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- PDB-6uak: LahSb - C-terminal methyltransferase involved in RiPP biosynthesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uak
タイトルLahSb - C-terminal methyltransferase involved in RiPP biosynthesis
要素SAM dependent methyltransferase LahSB
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / RiPPs
機能・相同性Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltranfer_dom domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Lachnospiraceae bacterium C6A11 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Nair, S.K. / Estrada, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Characterization of a Dehydratase and Methyltransferase in the Biosynthesis of Ribosomally Synthesized and Post-translationally Modified Peptides in Lachnospiraceae.
著者: Huo, L. / Zhao, X. / Acedo, J.Z. / Estrada, P. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM dependent methyltransferase LahSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7072
ポリマ－35,3221
非ポリマー3841
水00
1
A: SAM dependent methyltransferase LahSB
ヘテロ分子

A: SAM dependent methyltransferase LahSB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4134
ポリマ－70,6442
非ポリマー7692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area3420 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.729, 115.729, 71.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SAM dependent methyltransferase LahSB


分子量: 35322.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium C6A11 (バクテリア)
遺伝子: DEO87_04690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D0LE54
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, 16-22% of PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→100.2 Å / Num. obs: 34750 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 1825 / CC1/2: 0.984

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.403 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 1680 4.8 %RANDOM
Rwork0.2386 ---
obs0.2404 33046 94.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.8 Å2 / Biso mean: 68.566 Å2 / Biso min: 42.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1 Å21.55 Å20 Å2
2--3.1 Å2-0 Å2
3----10.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 26 0 2409
Biso mean--64.31 --
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9783335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.52624.561114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.84515430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.9021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211856
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 90 -
Rwork0.209 2217 -
obs--85.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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