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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u8u | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA duplex bound with TNA 3'-3' imidazolium dimer | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA | 機能・相同性 | Chem-Q1V / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | データ登録者 | Szostak, J.W. / Zhang, W. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 | タイトル: Structural interpretation of the effects of threo-nucleotides on nonenzymatic template-directed polymerization. 著者: Zhang, W. / Kim, S.C. / Tam, C.P. / Lelyveld, V.S. / Bala, S. / Chaput, J.C. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u8u.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u8u.ent.gz | 21 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u8u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u8u_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6u8u_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u8u_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/6u8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/6u8u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4512.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 50 mM HEPES; pH 7.0, 200 mM Ammonium acetate, 150 mM Magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4009 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.818 / Net I/σ(I): 37.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 387 / CC1/2: 0.958 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.745 / Χ2: 0.566 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6C8D 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å
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