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万見
- PDB-6u6g: Solution NMR structure of the nodule-specific cysteine-rich pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u6g
タイトルSolution NMR structure of the nodule-specific cysteine-rich peptide NCR044 from Medicago truncatula
要素Putative Late nodulin
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / FUNGAL DISEASE / ANTIFUNGAL AGENT / DEFENSIN-LIKE
機能・相同性Late nodulin / Late nodulin domain / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / Putative Late nodulin
機能・相同性情報
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Velivelli, S.L.S. / Buchko, G.W. / Shah, D.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Antifungal symbiotic peptide NCR044 exhibits unique structure and multifaceted mechanisms of action that confer plant protection.
著者: Velivelli, S.L.S. / Czymmek, K.J. / Li, H. / Shaw, J.B. / Buchko, G.W. / Shah, D.M.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Late nodulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3291
ポリマ－4,3291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Don't know what the matrix stuff means below.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Putative Late nodulin


分子量: 4329.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MtrunA17_Chr7g0216231 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A396GSL0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic22D 1H-15N HSQC
121anisotropic13D HNCO
131anisotropic13D HN(CA)CB
141anisotropic13D C(CO)NH
151anisotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
162anisotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
171anisotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
191anisotropic23D 1H-15N NOESY
181anisotropic2Deuterium exchange
1101anisotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1111anisotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DEF19, 93% H2O/7% D2ODEF1993% H2O/7% D2O
solution250 mM sodium chloride, 20 mM sodium acetate, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DEF19-2, 100% D2ODEF19-2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium acetatenatural abundance1
1 mMDEF19[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium acetatenatural abundance2
1 mMDEF19-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 2 / Label: Condition_1 / pH: 5.4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.25

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.13Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS. Disulfide bond restraints were identified by mass spectrometer and are included in the "NOE" file.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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