[日本語] English
万見
- PDB-6u2a: ShyA endopeptidase from Vibrio cholera (open form) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u2a
タイトルShyA endopeptidase from Vibrio cholera (open form)
要素ShyA endopeptidase
キーワードHYDROLASE / M23 peptidase / peptidoglycan / crosslinks / periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / peptidoglycan binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / periplasmic space / hydrolase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Opacity-associated protein A / Opacity-associated protein A LysM-like domain / Csd3-like, second N-terminal domain / Csd3 second domain / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall endopeptidase family M23/M37 / Peptidoglycan DD-endopeptidase ShyA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Saper, M.A. / Kelley, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis of peptidoglycan endopeptidase regulation.
著者: Shin, J.H. / Sulpizio, A.G. / Kelley, A. / Alvarez, L. / Murphy, S.G. / Fan, L. / Cava, F. / Mao, Y. / Saper, M.A. / Dorr, T.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ShyA endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6902
ポリマ－45,6251
非ポリマー651
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.272, 82.492, 82.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.692, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

#1: タンパク質 ShyA endopeptidase


分子量: 45624.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ShyA / プラスミド: pET28-VcShyA-His6 / 詳細 (発現宿主): Full-length ShyA followed by His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2(DE3)
参照: UniProt: A0A0H6MKE7, UniProt: Q9KN86*PLUS, lysostaphin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 % / 解説: elongated prisms
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (0.5 microliter): 18 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl pH 7.6 Precipitant (0.5 microliter): 0.25 M sodium citrate, 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 6.0
PH範囲: 6-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07811 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.025→54.9 Å / Num. obs: 17391 / % possible obs: 54.1 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 60.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.026-2.2766.21.131.68700.5490.4871.23466.7
6.143-54.8496.40.04119.48690.9960.0170.04573.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3580精密化
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARANISO1.0.5データスケーリング
autoPROC1.0.5データスケーリング
XDSJan 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUI

2gui


解像度: 2.3→36.58 Å / SU ML: 0.2891 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 38.328
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2936 842 5.15 %Random
Rwork0.2538 ---
obs-16347 74.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 78.09 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 40 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 1 10 2863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6353929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7361760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.4496740.36951172X-RAY DIFFRACTION34.07
2.44-2.630.3936890.36851816X-RAY DIFFRACTION52.65
2.63-2.90.35951470.35612560X-RAY DIFFRACTION74.04
2.9-3.320.36211890.32873368X-RAY DIFFRACTION97
3.32-4.180.27381630.24763404X-RAY DIFFRACTION97.75
4.18-36.580.25641800.21073185X-RAY DIFFRACTION90.46

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る