PDB-6u0y: Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u0y

タイトル

Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia

要素

Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)

キーワード

HYDROLASE / lactam antibiotics / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u0y.cif.gz	451.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u0y.ent.gz	353 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6u0y_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u0y_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	6u0y_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	6u0y_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dpxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hh6-1 7l52-1 2aio-1 2fu6-3 6u13-1 5evb-1 6u2y-1 6uaf-1 5dpx-1 2hb9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97218

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)

B: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)

C: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)

D: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.033, 97.229, 91.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase) 分子量: 29172.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt2667 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: B2FTM1, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 %(w/v) PEG4000, 5 %(v/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 122234 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.67 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 6033 / CC_1/2: 0.735

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 5DPX

5dpx

解像度: 1.7→48.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.66

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1978	6168	5.05 %	random
R_work	0.1677	-	-	-
obs	0.1693	122193	96.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7979	0	44	660	8683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.851	11504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.384	5011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2762	210	0.2518	3749	X-RAY DIFFRACTION	95
1.72-1.74	0.2479	208	0.2466	3820	X-RAY DIFFRACTION	96
1.74-1.76	0.2834	225	0.2406	3856	X-RAY DIFFRACTION	96
1.76-1.78	0.2659	193	0.2246	3820	X-RAY DIFFRACTION	96
1.78-1.8	0.2503	205	0.2266	3836	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8-1.83	0.2454	201	0.2098	3848	X-RAY DIFFRACTION	96
1.83-1.86	0.2507	224	0.2046	3704	X-RAY DIFFRACTION	93
1.86-1.88	0.2448	197	0.1984	3688	X-RAY DIFFRACTION	92
1.88-1.91	0.2378	196	0.1882	3893	X-RAY DIFFRACTION	97
1.91-1.94	0.2029	181	0.1842	3926	X-RAY DIFFRACTION	97
1.94-1.98	0.2209	191	0.1877	3860	X-RAY DIFFRACTION	97
1.98-2.01	0.2226	208	0.1879	3853	X-RAY DIFFRACTION	97
2.01-2.05	0.2155	207	0.1783	3867	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.09	0.2355	230	0.1792	3912	X-RAY DIFFRACTION	97
2.09-2.14	0.2204	197	0.1731	3868	X-RAY DIFFRACTION	97
2.14-2.19	0.2102	203	0.1728	3902	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.24	0.2269	179	0.1675	3678	X-RAY DIFFRACTION	92
2.24-2.31	0.2054	208	0.1656	3863	X-RAY DIFFRACTION	96
2.31-2.37	0.2112	213	0.1676	3933	X-RAY DIFFRACTION	98
2.37-2.45	0.1915	203	0.167	3909	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.54	0.2085	215	0.1683	3941	X-RAY DIFFRACTION	98
2.54-2.64	0.2341	199	0.1803	3928	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.76	0.2292	221	0.1847	3903	X-RAY DIFFRACTION	98
2.76-2.9	0.2308	200	0.1752	3777	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9-3.09	0.1945	219	0.1764	3931	X-RAY DIFFRACTION	98
3.09-3.32	0.2112	209	0.1781	3960	X-RAY DIFFRACTION	99
3.32-3.66	0.1748	190	0.1674	4000	X-RAY DIFFRACTION	98
3.66-4.19	0.1735	213	0.153	3886	X-RAY DIFFRACTION	97
4.19-5.28	0.157	222	0.1248	3913	X-RAY DIFFRACTION	97
5.28-48.63	0.1649	201	0.1522	4001	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1296000481	-1.2079000473	0.7380999923	1.3500000238	-0.7412999868	0.587100029	0.0031999999	0.4690999985	-0.594900012	-0.0267999992	0.0864999965	0.1395999938	0.0366999991	-0.4957999885	-0.0800999999	0.2231999934	-0.0306000002	0.0081000002	0.2872000039	-0.0601999983	0.2486000061	-34.9835014343	-17.9713993073	10.8922996521
2	4.7771000862	1.1926000118	-0.2910000086	3.7026000023	-1.1542999744	1.8811000586	0.0571999997	-0.2255000025	-0.1743000001	0.0984999985	-0.332100004	-0.3759999871	0.0243999995	0.1686999947	0.2497999966	0.1757999957	0.0130000003	-0.0049000001	0.247299999	-0.0080000004	0.2727999985	-5.0033998489	-8.2807998657	10.8241996765
3	5.9267997742	3.0102000237	1.7174999714	7.4815998077	1.2954000235	4.1188998222	-0.0201999992	0.0588000007	-0.3738999963	0.0395999998	0.1247000024	-0.6262999773	0.1560000032	0.2356999964	-0.1418000013	0.1396999955	0.0195000004	-0.0071	0.2290000021	-0.0088999998	0.2301999927	-7.5921001434	-5.4254999161	12.3662004471
4	4.1430001259	0.3896000087	-0.0493000001	2.7857000828	-0.5360000134	1.9994000196	-0.0531000011	-0.2442000061	-0.0671000034	0.2931999862	0.0447000004	-0.3415000141	-0.1198000014	0.2041999996	0.0103000002	0.1738000065	0.0071999999	-0.0379000008	0.1993999928	-0.0155999996	0.1826000065	-9.744099617	-5.8164000511	18.9214992523
5	1.402099967	-0.2292000055	-0.2529000044	1.1342999935	-0.4350000024	0.6097999811	-0.0119000003	-0.0691	0.0427000001	0.1676999927	0.0195000004	-0.0957000032	-0.0535999984	0.0324000008	-0.0070000002	0.2013999969	0.0063	-0.0223999992	0.2039999962	-0.0129000004	0.1938000023	-18.5849990845	2.7957000732	16.4782009125
6	6.4739999771	1.1948000193	1.4594000578	2.9342999458	-0.271600008	1.9265999794	-0.0852999985	0.1543000042	0.0060000001	-0.0366999991	-0.0096000005	-0.3465999961	-0.0476999991	0.2443999946	0.0913999975	0.1762000024	0.0126999998	0.0060000001	0.2092999965	0.0137	0.2282000035	-8.1922998428	5.5714001656	5.4619002342
7	8.4898004532	-1.5568000078	1.0870000124	3.5611000061	1.1129000187	2.927200079	0.0667999983	0.4796999991	-0.141900003	-0.1878000051	-0.0329000019	0.3149999976	0.0081000002	0.0278999992	-0.0275999997	0.2405000031	0.0022	-0.0155999996	0.2398000062	0.0212999992	0.2344000041	-30.0972995758	1.8595000505	-1.391100049
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33	7.5015001297	-0.5809999704	1.5454000235	3.964400053	0.3030999899	2.1466999054	0.1351999938	-1.0649000406	0.4302000105	0.6571000218	-0.1075000018	0.2544000149	-0.2443999946	0.0693000033	-0.0226000007	0.3370999992	-0.0353999995	0.0377000012	0.4032999873	-0.0812999979	0.2509999871	-41.9813995361	11.2160997391	47.8241996765
34	8.3706998825	-2.5313999653	2.9312000275	1.9733999968	-1.4201999903	2.9633998871	0.1033999994	-0.8500000238	-0.355399996	0.2547000051	0.0905999988	0.0450000018	0.1143999994	-0.3991999924	-0.1626999974	0.4929000139	-0.0604000017	0.0065000001	0.5613999963	-0.0186999999	0.2485000044	-36.0702018738	4.3677000999	54.6912002563
35	1.4235999584	-0.2198999971	-1.0978000164	3.4941000938	-0.6230999827	2.7404000759	0.2664999962	-0.6754000187	0.0966000035	0.2904999852	-0.0384999998	-0.3695000112	-0.164199993	0.2915000021	-0.2148000002	0.5218999982	-0.0276999995	-0.1075000018	0.6668999791	-0.1537999958	0.4494999945	-18.8703994751	15.646900177	57.6669006348
36	4.3769001961	-1.4325000048	0.3788999915	3.3933999538	-0.0197999999	1.772300005	-0.445600003	-0.3601999879	-0.0111999996	0.617299974	0.0892999992	0.3826000094	-1.0470000505	-0.7228000164	0.2415000051	0.8005999923	0.074000001	0.0410999991	0.8963000178	-0.1785999984	0.3680999875	-38.9888000488	13.2840003967	59.5289001465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 205 through 222 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 223 through 244 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 245 through 266 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 267 through 287 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 23 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 54 through 113 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 114 through 177 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 178 through 204 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 205 through 222 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 223 through 266 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 267 through 288 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 24 through 35 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 36 through 77 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 78 through 102 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 103 through 121 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 122 through 177 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 178 through 204 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 205 through 222 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 223 through 235 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 236 through 257 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 258 through 287 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 23 through 53 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 54 through 90 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 91 through 147 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 148 through 177 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 178 through 204 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 205 through 222 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 223 through 236 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 237 through 266 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 267 through 288 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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