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万見
- PDB-6u07: Computational Stabilization of T Cell Receptor Constant Domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u07
タイトルComputational Stabilization of T Cell Receptor Constant Domains
要素
  • Stabilized T cell receptor constant domain (Calpha)
  • Stabilized T cell receptor constant domain (Cbeta)
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / TCR constant domains
機能・相同性
機能・相同性情報


response to bacterium / cell surface receptor signaling pathway / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Human nkt tcr beta chain / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Froning, K. / Maguire, J. / Sereno, A. / Huang, F. / Chang, S. / Weichert, K. / Frommelt, A.J. / Dong, J. / Wu, X. / Austin, H. ...Froning, K. / Maguire, J. / Sereno, A. / Huang, F. / Chang, S. / Weichert, K. / Frommelt, A.J. / Dong, J. / Wu, X. / Austin, H. / Conner, E.M. / Fitchett, J.R. / Heng, A.R. / Balasubramaniam, D. / Hilgers, M.T. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Computational stabilization of T cell receptors allows pairing with antibodies to form bispecifics.
著者: Froning, K. / Maguire, J. / Sereno, A. / Huang, F. / Chang, S. / Weichert, K. / Frommelt, A.J. / Dong, J. / Wu, X. / Austin, H. / Conner, E.M. / Fitchett, J.R. / Heng, A.R. / Balasubramaniam, ...著者: Froning, K. / Maguire, J. / Sereno, A. / Huang, F. / Chang, S. / Weichert, K. / Frommelt, A.J. / Dong, J. / Wu, X. / Austin, H. / Conner, E.M. / Fitchett, J.R. / Heng, A.R. / Balasubramaniam, D. / Hilgers, M.T. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stabilized T cell receptor constant domain (Calpha)
B: Stabilized T cell receptor constant domain (Cbeta)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0975
ポリマ－27,0242
非ポリマー733
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.854, 59.852, 61.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 Stabilized T cell receptor constant domain (Calpha)


分子量: 12071.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q2YD82
#2: タンパク質 Stabilized T cell receptor constant domain (Cbeta)


分子量: 14952.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, HDCMA22P
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: K7N5M4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 % / 解説: Single, plate-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 23% PEG 4K, 300 mM magnesium sulfate, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: Kohzu HLD-4 with diamond 111 crystals
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 with diamond 111 crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→29.33 Å / Num. obs: 32373 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 122769
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.76-1.863.81.1141791647000.5880.6581.2960.899.1
5.57-29.333.60.02367010210.9990.0130.02413.794.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.08 Å29.33 Å
Translation4.08 Å29.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJanuary 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F53

2f53


解像度: 1.76→29.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.307 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 1642 5.1 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
obs0.2027 30717 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.38 Å2 / Biso mean: 30.088 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å2-0.86 Å2
2--1.26 Å2-0 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 3 175 1896
Biso mean--35.9 37.61 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.932425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73633674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8785217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35324.54588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18415274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.851510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
LS精密化 シェル解像度: 1.762→1.808 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 121 -
Rwork0.373 2237 -
all-2358 -
obs--98.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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