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- PDB-6tzf: ADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor S17079 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzf
タイトルADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor S17079
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / inhibitor / Beta-lactamase / BATSI / ADC-7
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KAS / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Fish, E.R. / Powers, R.A. / Wallar, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI072219 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: 1,2,3-Triazolylmethaneboronate: A Structure Activity Relationship Study of a Class of beta-Lactamase Inhibitors againstAcinetobacter baumanniiCephalosporinase.
著者: Caselli, E. / Fini, F. / Introvigne, M.L. / Stucchi, M. / Taracila, M.A. / Fish, E.R. / Smolen, K.A. / Rather, P.N. / Powers, R.A. / Wallar, B.J. / Bonomo, R.A. / Prati, F.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,5428
ポリマ－163,2344
非ポリマー1,3084
水5,945330
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1352
ポリマ－40,8081
非ポリマー3271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1352
ポリマ－40,8081
非ポリマー3271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1352
ポリマ－40,8081
非ポリマー3271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1352
ポリマ－40,8081
非ポリマー3271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.624, 80.785, 107.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILEAA3 - 3575 - 359
21PROPROILEILEBB3 - 3575 - 359
12LYSLYSALAALAAA4 - 3566 - 358
22LYSLYSALAALACC4 - 3566 - 358
13PROPROILEILEAA3 - 3575 - 359
23PROPROILEILEDD3 - 3575 - 359
14LYSLYSALAALABB4 - 3566 - 358
24LYSLYSALAALACC4 - 3566 - 358
15PROPROLYSLYSBB3 - 3585 - 360
25PROPROLYSLYSDD3 - 3585 - 360
16LYSLYSALAALACC4 - 3566 - 358
26LYSLYSALAALADD4 - 3566 - 358

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 40808.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DRA1, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-KAS / 3-(1-{[hydroxy(phosphonooxy)boranyl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzoic acid


分子量: 326.995 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H11BN3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ADC-7 (3mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07818 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.957→98.88 Å / Num. obs: 96293 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.957-1.96440.41539259880.9290.2350.4792.198.9
9.082-98.8773.50.029358210150.9980.0180.03428.593.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0T

4u0t


解像度: 1.96→98.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.421 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.18
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 4890 5.1 %RANDOM
Rwork0.2194 ---
obs0.221 91370 94.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.9 Å2 / Biso mean: 40.318 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20.69 Å2
2---2.45 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→98.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11004 0 88 339 11431
Biso mean--58.37 38.45 -
残基数----1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01311380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.66415531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.57323631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90451422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.71225.029515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.512151795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6211522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022187
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A112970.07
12B112970.07
21A114460.08
22C114460.08
31A114650.08
32D114650.08
41B110160.08
42C110160.08
51B112550.07
52D112550.07
61C111840.09
62D111840.09
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.008 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 351 -
Rwork0.282 7120 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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