[日本語] English
- PDB-6tv2: Heme d1 biosynthesis associated Protein NirF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tv2
タイトルHeme d1 biosynthesis associated Protein NirF
要素Protein NirF
キーワードUNKNOWN FUNCTION / 8-bladed beta-propeller / heme d1 biosynthesis / homodimer
機能・相同性Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / cytoplasm / Protein NirF
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.561 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)GRK 2223 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / : 2021
タイトル: Crystal structure of NirF: insights into its role in heme d 1 biosynthesis.
著者: Klunemann, T. / Nimtz, M. / Jansch, L. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein NirF
B: Protein NirF
C: Protein NirF
D: Protein NirF
E: Protein NirF
F: Protein NirF
G: Protein NirF
H: Protein NirF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,98116
ポリマ-335,9948
非ポリマー9878
64,2963569
1
A: Protein NirF
ヘテロ分子

H: Protein NirF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2835
ポリマ-83,9992
非ポリマー2843
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1
2
B: Protein NirF
E: Protein NirF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3004
ポリマ-83,9992
非ポリマー3012
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein NirF
G: Protein NirF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1914
ポリマ-83,9992
非ポリマー1922
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein NirF

F: Protein NirF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2083
ポリマ-83,9992
非ポリマー2091
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.129, 147.830, 108.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Protein NirF


分子量: 41999.281 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: nirF, PA0516 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51480
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3569 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 4000 20% (v/v)glycerol 0.03 NaNO3 0.03 Na2HPO4 0.03 (NH4)2SO4 0.1M MOPS/HEPES pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.561→107.6 Å / Num. obs: 289596 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.561→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 14420 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.394 / % possible all: 69.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHENIXdev-3742精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6rte
解像度: 1.561→59.46 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 14291 4.94 %
Rwork0.1628 --
obs0.1648 289465 64.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.99 Å2 / Biso mean: 22.2603 Å2 / Biso min: 4.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.561→59.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23312 0 104 3569 26985
Biso mean--43.93 31.44 -
残基数----2976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5611-1.57890.2991250.24525654
1.5789-1.59750.3497420.25627746
1.5975-1.61690.263500.242210527
1.6169-1.63740.2642800.2619138810
1.6374-1.6590.2883850.2459176012
1.659-1.68170.25931000.2454208015
1.6817-1.70570.28731580.2526260219
1.7057-1.73120.29581860.2578361926
1.7312-1.75820.28122420.2376465133
1.7582-1.78710.27552800.2382569740
1.7871-1.81790.26753580.2326669448
1.8179-1.85090.26763980.228786656
1.8509-1.88650.2344600.2203909464
1.8865-1.9250.24025350.2144997371
1.925-1.96690.26115650.20331073376
1.9669-2.01270.24446040.18871149081
2.0127-2.0630.2436110.1911227887
2.063-2.11880.22137120.18241314093
2.1188-2.18110.22876960.16951386998
2.1811-2.25150.22866660.168514135100
2.2515-2.3320.20447220.16514164100
2.332-2.42540.21867660.164814070100
2.4254-2.53580.20977420.159214166100
2.5358-2.66940.20917680.160614101100
2.6694-2.83670.21197450.151914144100
2.8367-3.05570.19637510.152314176100
3.0557-3.36320.17497670.148514135100
3.3632-3.84980.15857200.129414199100
3.8498-4.850.1497160.113114247100
4.85-59.460.18387410.173714312100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93920.0267-0.11030.9483-0.05911.43420.00330.12430.1017-0.17210.03030.2494-0.1033-0.1037-0.01880.08040.0035-0.0490.07510.03390.121342.3989-65.545-18.8777
20.72810.1990.41271.89140.54460.87630.0115-0.07620.19930.04020.02050.1034-0.1321-0.0412-0.02630.06670.00510.03320.0626-0.01570.133945.7739-51.3496-1.3023
32.70950.2162-1.88790.65980.19181.77750.0644-0.1310.12160.0572-0.0207-0.055-0.0890.187-0.01830.0742-0.0116-0.0420.0847-0.01360.118764.8603-57.0833-3.9185
41.35530.11430.35160.60130.27580.4448-0.04670.12680.0265-0.12810.0234-0.0213-0.0530.04850.01820.0936-0.0134-0.0080.07420.00910.043463.4048-69.8246-20.7277
50.9174-0.03460.17441.0444-0.14771.51750.02990.0822-0.055-0.1503-0.0126-0.14970.1390.1113-0.01730.08760.00710.02520.0696-0.0150.056566.3836-46.5491-72.5083
61.18050.7889-0.42031.8091-1.18340.9326-0.0255-0.0729-0.262-0.12180.0093-0.21740.19460.02830.02340.1132-0.0035-0.01620.07530.02160.098366.0952-61.1691-58.5339
71.42850.1779-0.32221.9403-0.0951.40790.0537-0.2517-0.15360.14760.03360.14640.1063-0.0582-0.05380.1035-0.030.00260.10420.05280.114154.6471-56.7497-51.008
83.18410.01491.32782.1233-1.30862.80590.1071-0.1308-0.1350.05710.00810.21920.0593-0.0702-0.08780.0746-0.02620.04120.11840.02170.171540.7435-54.9448-60.4003
91.59120.0513-0.5321.0221-0.25810.7563-0.02940.1425-0.037-0.11880.03190.1510.0529-0.0975-0.01110.087-0.0165-0.01370.0863-0.00280.062645.3643-42.5394-74.2706
101.1536-0.2313-0.25960.60790.2191.08980.2081-0.27110.3890.27190.0038-0.5002-0.0660.14340.14420.1775-0.0342-0.19730.06710.08070.159315.8142-30.8899-35.6387
110.7318-0.04740.06151.8478-0.49620.77920.0850.14860.24960.0228-0.111-0.3739-0.16730.09680.01980.1317-0.01130.01510.09410.08230.238213.5601-18.4216-53.6259
122.8233-1.0342-1.36992.61490.89963.03840.10260.10110.2229-0.0842-0.1103-0.0227-0.1824-0.21810.02180.08640.0115-0.030.10830.01790.107-4.5091-21.8459-52.4231
131.1431-0.05440.07551.0484-0.40360.5625-0.0194-0.0759-0.00250.3204-0.07550.0069-0.1022-0.04650.07390.2158-0.0238-0.03430.1041-0.03020.0399-6.415-34.4232-35.7128
140.7888-0.41670.13410.95040.01480.9869-0.02630.2730.0061-0.3160.0108-0.1259-0.15370.23830.0540.127-0.03960.07860.1941-0.01420.0387.054-2.9385-21.4383
151.11570.37270.01211.5861-0.26081.01080.01920.0028-0.10510.01150.0101-0.00930.1157-0.0517-0.00250.0547-0.00460.0120.0733-0.01680.0458-0.5309-16.0392-3.8768
162.97120.2798-0.40721.5454-1.33252.4303-0.1774-0.1466-0.1846-0.36010.1021-0.03110.56590.0552-0.00190.1524-0.0030.03420.1315-0.04590.1034-21.0798-8.5221-10.0667
170.996-0.0489-0.52180.8934-0.03911.3224-0.0020.247-0.0106-0.2115-0.0470.10070.0131-0.10920.02130.1404-0.0011-0.01680.1184-0.02050.0428-11.30760.1388-21.8433
181.3392-0.12750.75811.3538-0.52970.6949-0.0180.03210.1198-0.0142-0.023-0.1467-0.02580.07410.01740.0596-0.01970.03850.0664-0.01930.085769.4767-20.5579-61.87
192.6560.4598-0.06980.4699-0.25890.4450.00770.06840.266-0.16780.0155-0.1595-0.20860.0109-0.05110.1248-0.00290.03140.06580.01950.104958.6023-13.6409-67.0215
201.4567-0.3712-0.30721.66610.21481.6081-0.0419-0.09250.09190.0372-0.03570.2464-0.0553-0.16880.05070.06840.01160.00420.1019-0.02230.112243.4041-13.6053-60.8469
214.33410.71940.12682.7707-1.73833.074-0.1204-0.15050.07370.19510.09870.1827-0.0903-0.20370.05130.15450.02320.06290.1935-0.03820.122646.7266-20.5458-42.2132
221.8703-0.1445-0.42590.73570.13790.7747-0.0201-0.30850.09760.28430.03060.07330.0202-0.0826-0.0170.15630.00310.02090.1584-0.01950.074461.2199-28.3719-41.886
231.64240.35510.23861.1832-0.12230.4842-0.0096-0.06080.02410.09640.0143-0.0521-0.0012-0.002-0.01270.07390.00340.02940.0734-0.02480.034366.5349-28.6063-52.7401
241.23080.17040.43921.1751-0.03630.7631-0.0438-0.10660.20130.1363-0.02750.1571-0.1264-0.05150.0480.06830.02010.00320.0704-0.03210.0987-8.4109-51.56858.7351
251.24390.2819-0.15361.5583-0.03620.7381-0.0635-0.00160.23580.0902-0.0405-0.1057-0.050.10080.05820.063-0.0328-0.06880.09210.02770.133514.7848-46.67476.3587
262.04230.0971-0.39192.12390.86461.9766-0.26060.32330.2972-0.0883-0.026-0.1794-0.14410.2770.21390.1371-0.0367-0.05890.16380.08260.137911.727-54.2671-12.0415
271.42730.2727-0.25670.956-0.15450.6724-0.05940.1830.0539-0.1782-0.01030.00570.00050.07320.05310.0974-0.0113-0.02040.09810.01830.0592-2.926-61.9042-12.2722
281.719-0.77440.20271.4432-0.02350.6542-0.0540.00760.1358-0.043-0.02380.0964-0.00650.02380.07280.0282-0.00820.00440.06690.020.0658-8.5606-61.6613-1.8264
291.4614-0.2691-0.66691.1655-0.22940.9496-0.0149-0.0422-0.10890.1283-0.0945-0.31770.10040.12560.08330.0866-0.0041-0.03730.08890.0550.200318.9422-57.4986-45.8781
301.7038-0.47750.36920.75680.20640.4127-0.0282-0.1251-0.10640.3442-0.0834-0.21750.11230.0650.05870.1813-0.0164-0.03840.09320.06290.157812.0586-62.1956-39.6839
311.42260.24570.48991.98240.19061.6058-0.01460.0096-0.19210.0609-0.04020.16290.1584-0.12170.04190.0986-0.0310.03710.0767-0.02480.1286-6.411-64.6741-45.9495
325.3664-0.17190.25196.071.59215.19780.04630.2322-0.0881-0.429-0.17850.0770.31210.02820.08120.16720.00630.02520.1532-0.02220.1087-3.0401-61.7467-63.8806
336.64690.695-1.43681.9684-1.2784.04860.04180.33170.1159-0.01140.03880.1273-0.1108-0.2317-0.04020.13720.0251-0.04220.1507-0.02370.1253-5.334-52.6292-66.4992
342.2194-0.21010.35861.4231-0.06850.65250.11410.3164-0.0833-0.2497-0.1359-0.11050.03180.02210.0180.13030.02080.04110.15290.0190.119710.6952-50.2679-65.6418
351.3885-0.6491-0.02271.4348-0.13890.7330.0550.16350.0139-0.1154-0.1172-0.2462-0.05810.00440.0580.0738-0.0087-0.00040.09610.02450.140916.0782-49.6713-54.9546
361.40860.2902-0.33711.1724-0.11560.5111-0.043-0.0901-0.14460.03750.0218-0.21580.05840.08890.020.05260.0172-0.02120.0643-0.00240.107559.1598-18.91218.8471
371.32460.11770.57771.42760.07581.1545-0.03320.0074-0.1330.02010.01630.14020.0395-0.07010.0160.0349-0.01060.02080.0627-0.0090.084135.9519-24.11856.4526
383.2979-0.3750.29223.528-1.1453.1164-0.1390.1885-0.2148-0.05150.11150.10780.1544-0.19360.03420.0922-0.03040.00460.1308-0.0390.101538.9115-16.5953-12.1569
392.03510.37570.47091.10030.29960.8543-0.03940.2753-0.124-0.22690.0563-0.0372-0.00660.007-0.0170.1118-0.01980.01510.1116-0.01140.064653.4969-9.022-12.1877
401.2712-0.3785-0.32661.0187-0.24910.8635-0.02790.0708-0.0718-0.04-0.0224-0.1033-0.01710.00310.04620.0532-0.0195-0.02120.0591-0.02960.075959.1739-8.7958-1.9218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 105 )A7 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 182 )A106 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 183 through 267 )A183 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 268 through 378 )A268 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 105 )B7 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 148 )B106 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 149 through 215 )B149 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 216 through 267 )B216 - 267
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 268 through 378 )B268 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 7 through 105 )C7 - 105
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 106 through 177 )C106 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 178 through 247 )C178 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 248 through 378 )C248 - 378
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 7 through 73 )D7 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 74 through 247 )D74 - 247
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 248 through 284 )D248 - 284
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 285 through 378 )D285 - 378
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 7 through 77 )E7 - 77
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 78 through 105 )E78 - 105
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 106 through 220 )E106 - 220
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 221 through 267 )E221 - 267
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 268 through 349 )E268 - 349
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 350 through 378 )E350 - 378
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 7 through 105 )F7 - 105
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 106 through 220 )F106 - 220
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 221 through 267 )F221 - 267
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 268 through 349 )F268 - 349
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 350 through 378 )F350 - 378
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 7 through 73 )G7 - 73
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 74 through 99 )G74 - 99
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 100 through 220 )G100 - 220
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 221 through 247 )G221 - 247
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 248 through 267 )G248 - 267
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 268 through 349 )G268 - 349
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 350 through 378 )G350 - 378
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 7 through 105 )H7 - 105
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 106 through 220 )H106 - 220
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 221 through 267 )H221 - 267
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 268 through 349 )H268 - 349
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 350 through 378 )H350 - 378

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る