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万見
- PDB-6tuu: Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tuu
タイトルLeishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid
要素DNA repair and recombination protein RadA
キーワードRECOMBINATION / Recombinase / FBDD / Fragment / Surrogate / RadA / Rad51 / Archaeal
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid / PHOSPHATE ION / DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Pantelejevs, T. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of dedicated crystallographic systems for structure-guided drug discovery
著者: Brear, P. / Pantelejevs, T. / Hyvonen, M.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair and recombination protein RadA
B: DNA repair and recombination protein RadA
C: DNA repair and recombination protein RadA
D: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,29911
ポリマ－106,3694
非ポリマー9307
水10,809600
1
A: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8633
ポリマ－26,5921
非ポリマー2712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8633
ポリマ－26,5921
非ポリマー2712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8043
ポリマ－26,5921
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7682
ポリマ－26,5921
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.271, 118.976, 83.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA repair and recombination protein RadA


分子量: 26592.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: radA, PF1926 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O74036
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NY5 / 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid / 5,6,7,8-テトラヒドロ-2-ナフトエ酸


分子量: 176.212 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.03 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.735→48.5 Å / Num. obs: 80648 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.735→1.765 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 259450 / Rsym value: 0.866 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jfg

5jfg


解像度: 1.74→41.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3999 4.96 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 80642 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 187.76 Å2 / Biso mean: 33.51 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.377 Å20 Å2-0.029 Å2
2---6.2341 Å20 Å2
3---0.8571 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→41.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6779 0 107 600 7486
Biso mean--40.12 47.87 -
残基数----884
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2539SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7052HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion919SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8709SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7052HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9567HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.43
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 78 4.84 %
Rwork0.2056 1535 -
all0.2051 1613 -
obs--99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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