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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tum | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glutathione s-transferase PA1623 from Pseudomonas aeruginosa PACS2 complexed with tartrate | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glutathione s-transferase PA1623 from Pseudomonas aeruginosa PACS2 complexed with tartrate 著者: Feiler, C.G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 217.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4eciS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25339.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TAR / | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-TLA / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BisTris pH 6.5, 0.1 M sodium potassium tartrate, 22 % PEG 3350 PH範囲: 6-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.48→43.62 Å / Num. obs: 72280 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.533 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 7043 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.86 / Rrim(I) all: 1.72 / % possible all: 98.15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4ECI 解像度: 1.48→43.62 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.51
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.42 Å2 / Biso mean: 25.7114 Å2 / Biso min: 10.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.48→43.62 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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