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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tuf | |||||||||
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タイトル | Human Aldose Reductase in complex with ALR43 | |||||||||
![]() | aldose reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Diabetes / transient binding pocket / diabetic late effects / polyol pathway / osmotic and oxidative stress / cofactor / NADPH / NADP+ / AKR1B1 / ALDR1 / ALR2 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sandner, A. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Aldose Reductase in complex with SAR25 著者: Sandner, A. / Heine, A. / Klebe, G. / Ngo, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: contains NADP https://www.carlroth.com/de/de/enzymatische-bestimmung-von-saccharose-glucose-nach-din-10326/nadp-dinatriumsalz/p/ae13.1 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-NXQ / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 6000, DTT, diammonium hydrogen citrate, NADP+ |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日 / 詳細: Signally bended Si111 crystal |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→47.13 Å / Num. obs: 105135 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 10.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 16246 / CC1/2: 0.75 / Rsym value: 0.507 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4PRT 解像度: 1.15→34.76 Å / SU ML: 0.0998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.1643
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→34.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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