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- PDB-6tub: Beta-endorphin amyloid fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tub
タイトルBeta-endorphin amyloid fibril
要素Beta-endorphin
キーワードHORMONE / amyloid fibril functional amyloid hormone storage hormone release
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / Opioid Signalling ...cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / Opioid Signalling / Androgen biosynthesis / regulation of appetite / Glucocorticoid biosynthesis / regulation of glycogen metabolic process / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / neuropeptide signaling pathway / Endogenous sterols / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / hormone activity / G-protein activation / regulation of blood pressure / cell-cell signaling / glucose homeostasis / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / secretory granule lumen / signaling receptor binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / : / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-opiomelanocortin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Verasdonck, J. / Seuring, C. / Gath, J. / Ghosh, D. / Nespovitaya, N. / Waelti, M.A. / Maji, S. / Cadalbert, R. / Boeckmann, A. / Guentert, P. ...Verasdonck, J. / Seuring, C. / Gath, J. / Ghosh, D. / Nespovitaya, N. / Waelti, M.A. / Maji, S. / Cadalbert, R. / Boeckmann, A. / Guentert, P. / Meier, B.H. / Riek, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The three-dimensional structure of human beta-endorphin amyloid fibrils.
著者: Seuring, C. / Verasdonck, J. / Gath, J. / Ghosh, D. / Nespovitaya, N. / Walti, M.A. / Maji, S.K. / Cadalbert, R. / Guntert, P. / Meier, B.H. / Riek, R.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2016
タイトル: Solid-state NMR sequential assignment of the beta-endorphin peptide in its amyloid form.
著者: Seuring, C. / Gath, J. / Verasdonck, J. / Cadalbert, R. / Rivier, J. / Boeckmann, A. / Meier, B.H. / Riek, R.
履歴
登録2020年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-endorphin
B: Beta-endorphin
C: Beta-endorphin
D: Beta-endorphin
E: Beta-endorphin
F: Beta-endorphin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8206
ポリマ－20,8206
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13600 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 95target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta-endorphin


分子量: 3470.022 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P01189

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D CHHC
121isotropic12D PAR
131isotropic12D PDSD

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試料調製

詳細タイプ: fiber
内容: 2 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] beta-endorphin, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: uniformly 13C,15N-labeled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mg/mLbeta-endorphin[U-100% 13C; U-100% 15N]1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
試料状態イオン強度: n.a. Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz / 詳細: 3.2 mm triple-resonance "E-free" probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.3Guentert, P.structure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 95 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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