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- PDB-6tt0: Crystal structure of a potent and reversible dual binding site Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tt0
タイトルCrystal structure of a potent and reversible dual binding site Acetylcholinesterase chiral inhibitor
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / dual binding site inhibitor / chiral separation / acetylcholinesterase / Alzheimer's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Acetylcholinesterase, fish/snake / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N9T / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.80003021833 Å
データ登録者de la Mora, E. / Mangiatordi, G.F. / Belviso, B.D. / Caliandro, R. / Colletier, J.P. / Catto, M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Chiral Separation, X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Potent and Reversible Dual Binding Site AChE Inhibitor.
著者: Catto, M. / Pisani, L. / de la Mora, E. / Belviso, B.D. / Mangiatordi, G.F. / Pinto, A. / Palma, A. / Denora, N. / Caliandro, R. / Colletier, J.P. / Silman, I. / Nicolotti, O. / Altomare, C.D.
履歴
登録2019年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年5月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1954
ポリマ－65,3161
非ポリマー8793
水1,58588
1
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3898
ポリマ－130,6312
非ポリマー1,7586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_559-x,-x+y,-z+13/31
単位格子
Length a, b, c (Å)111.420, 111.420, 137.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 65315.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T. californica acetylcholinesterase / 由来: (組換発現) Tetronarce californica (エイ) / 遺伝子: ache / 発現宿主: Tetronarce californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-N9T / (1~{R},3~{S})-~{N}-(6,7-dimethoxy-2-oxidanylidene-chromen-3-yl)-3-[(phenylmethyl)amino]cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 436.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 32% PEG 200 100 mM MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.074 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.48 Å / Num. obs: 24409 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 67.6781327552 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04067 / Rpim(I) all: 0.04067 / Rrim(I) all: 0.05751 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3768 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 4385 / CC1/2: 0.872 / Rsym value: 0.5328 / % possible all: 98.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vt7

2vt7


解像度: 2.80003021833→39.4797998252 Å / SU ML: 0.395506018796 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34889918222 / 位相誤差: 27.3771183945
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235273529519 1189 4.88877924427 %
Rwork0.188337050801 --
obs0.190702741239 24321 98.1160238825 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.9462107358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.80003021833→39.4797998252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4244 0 60 88 4392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03137260646794435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.362777819836027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0701859922473632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00704724221652781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.64893047471614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.80003021833-2.92740.3563676485591520.3208461413522870X-RAY DIFFRACTION98.7259065665
2.9274-3.08170.3271789653081450.2813623074872857X-RAY DIFFRACTION98.9452867502
3.0817-3.27470.3199783881111450.2406590082962891X-RAY DIFFRACTION98.6034426762
3.2747-3.52740.2556466704531380.2163736716882867X-RAY DIFFRACTION98.4277759581
3.5274-3.88210.2153100877411320.1737199370242903X-RAY DIFFRACTION98.7955729167
3.8821-4.44320.2341943578391420.1630888952322912X-RAY DIFFRACTION98.3891752577
4.4432-5.59540.2024712127831630.1534020085352890X-RAY DIFFRACTION97.8212111503
5.5954-39.47979982520.2133843605631720.1771441982972942X-RAY DIFFRACTION95.4044117647

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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