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- PDB-6tsz: The ULK4 Pseudokinase Domain Bound To ATPgammaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsz
タイトルThe ULK4 Pseudokinase Domain Bound To ATPgammaS
要素Serine/threonine-protein kinase ULK4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase Pseudokinase ATP binding Hypertension
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein kinase C signaling / regulation of p38MAPK cascade / regulation of neuron migration / regulation of neuron projection development / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...regulation of protein kinase C signaling / regulation of p38MAPK cascade / regulation of neuron migration / regulation of neuron projection development / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / microtubule cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase ULK4 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase ULK4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Preuss, F. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Nucleotide Binding, Evolutionary Insights, and Interaction Partners of the Pseudokinase Unc-51-like Kinase 4.
著者: Preuss, F. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Shrestha, S. / St-Germain, J. / Saha, M. / Kannan, N. / Raught, B. / Rottapel, R. / Knapp, S.
履歴
登録2019年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Serine/threonine-protein kinase ULK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0282
ポリマ－34,5041
非ポリマー5231
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.442, 41.468, 69.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.063, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase ULK4 / Unc-51-like kinase 4


分子量: 34504.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96C45, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citrate pH 5.9, 15% 2 propanol, 6% PEG4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.47 Å / Num. obs: 25024 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 32.11 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 1609 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FDY

6fdy


解像度: 1.9→36.32 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.6 / 位相誤差: 27.999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1230 4.93 %
Rwork0.2008 23743 -
obs0.2033 24973 95.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 31 83 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84593154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2912326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.980.3141340.2612654X-RAY DIFFRACTION96.3
1.98-2.070.29611140.25122587X-RAY DIFFRACTION94.28
2.07-2.170.30731360.22462606X-RAY DIFFRACTION94.13
2.17-2.310.31381420.24382564X-RAY DIFFRACTION93.54
2.31-2.490.35771320.23442535X-RAY DIFFRACTION92.67
2.49-2.740.2511290.24342553X-RAY DIFFRACTION92.01
2.74-3.140.28111470.21342685X-RAY DIFFRACTION96.79
3.14-3.950.25221560.18182746X-RAY DIFFRACTION99.11
3.95-36.320.18241400.16282813X-RAY DIFFRACTION97.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.9382819082 Å / Origin y: -1.21825926859 Å / Origin z: 20.6001911709 Å
111213212223313233
T0.182643011085 Å20.0201532245191 Å2-0.0323570566105 Å2-0.176686029478 Å2-0.0351160695054 Å2--0.194649087451 Å2
L0.722646341997 °20.136438003961 °2-0.122932617267 °2-0.776955747285 °2-0.381247467642 °2--1.01138840476 °2
S-0.00248841740688 Å °0.0273620428237 Å °-0.069736389788 Å °-0.0316983032279 Å °0.0213978809079 Å °0.0599375464422 Å °0.00137868524491 Å °-0.0162438923511 Å °-0.0212744881582 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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