[日本語] English
万見
- PDB-6ts5: Coagulation factor XI protease domain in complex with active site... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ts5
タイトルCoagulation factor XI protease domain in complex with active site inhibitor
要素Coagulation factor XI
キーワードHYDROLASE / S1 protease / serine protease / structure-based drug design / active site directed inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NW2 / Coagulation factor XI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Renatus, M. / Schiering, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Design and Preclinical Characterization of Selective and Orally Bioavailable Factor XIa Inhibitors: Demonstrating the Power of an Integrated S1 Protease Family Approach.
著者: Lorthiois, E. / Roache, J. / Barnes-Seeman, D. / Altmann, E. / Hassiepen, U. / Turner, G. / Duvadie, R. / Hornak, V. / Karki, R.G. / Schiering, N. / Weihofen, W.A. / Perruccio, F. / Calhoun, ...著者: Lorthiois, E. / Roache, J. / Barnes-Seeman, D. / Altmann, E. / Hassiepen, U. / Turner, G. / Duvadie, R. / Hornak, V. / Karki, R.G. / Schiering, N. / Weihofen, W.A. / Perruccio, F. / Calhoun, A. / Fazal, T. / Dedic, D. / Durand, C. / Dussauge, S. / Fettis, K. / Tritsch, F. / Dentel, C. / Druet, A. / Liu, D. / Kirman, L. / Lachal, J. / Namoto, K. / Bevan, D. / Mo, R. / Monnet, G. / Muller, L. / Zessis, R. / Huang, X. / Lindsley, L. / Currie, T. / Chiu, Y.H. / Fridrich, C. / Delgado, P. / Wang, S. / Hollis-Symynkywicz, M. / Berghausen, J. / Williams, E. / Liu, H. / Liang, G. / Kim, H. / Hoffmann, P. / Hein, A. / Ramage, P. / D'Arcy, A. / Harlfinger, S. / Renatus, M. / Ruedisser, S. / Feldman, D. / Elliott, J. / Sedrani, R. / Maibaum, J. / Adams, C.M.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7487
ポリマ－26,8561
非ポリマー8926
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 60.600, 66.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XI / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA


分子量: 26856.496 Da / 分子数: 1
変異: SER A 123 SWS P03951 CYS 500 ENGINEERED MUTATION, ALA A 195 SWS P03951 SER 575 ACTIVE SITE MUTATION
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物 ChemComp-NW2 / 2-[2-[3-[(3~{S})-3-azanyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-5-propan-2-yl-phenyl]ethoxy]-3-methoxy-benzoic acid


分子量: 447.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350 Protein at 18mg/ml in 50mM Tris/HCl pH7.4 100mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→66.91 Å / Num. obs: 61671 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.844 % / Biso Wilson estimate: 20.038 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 17.08
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.29-1.324.9120.423.4344630.47199.9
1.32-1.364.8390.3553.9444340.39999.8
1.36-1.44.6480.2814.7442540.31798.7
1.4-1.444.8790.2276.0241450.25599.7
1.44-1.495.0610.1837.640470.20599.8
1.49-1.545.070.1529.1439100.1799.7
1.54-1.65.0080.12610.9737830.14199.7
1.6-1.674.9240.10313.2836600.11599.6
1.67-1.744.5210.08714.9334490.09898.9
1.74-1.825.1060.07119.5333540.0899.6
1.82-1.924.9960.05823.2831950.06599.8
1.92-2.044.9030.0526.5730440.05699.6
2.04-2.184.7770.04529.5128270.05199.1
2.18-2.364.4070.04229.7826240.04798.6
2.36-2.584.5470.0383224590.04399.1
2.58-2.884.9260.03635.9822350.0499.5
2.88-3.334.8260.03238.2719890.03699.6
3.33-4.084.6270.0339.2616840.03499.1
4.08-5.774.5430.02639.3713220.02998.4
5.77-66.914.8680.02440.287930.02799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER2.11.7位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: inhouse structure

解像度: 1.29→44.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.053 / SU Rfree Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.051
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 3020 -RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.1885 61671 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6746 Å20 Å20 Å2
2---3.8028 Å20 Å2
3---1.1283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 56 268 2199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082045HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.032791HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d716SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes350HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2045HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion260SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2025SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.08
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 62 -
Rwork0.2013 --
obs0.2035 1234 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る