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- PDB-6tqv: Crystal structure of ribonucleotide reductase NrdF from Bacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqv
タイトルCrystal structure of ribonucleotide reductase NrdF from Bacillus anthracis aerobically soaked with Fe(II) and Mn(II) ions
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metal binding / Oxidation reduction process / 2'-Deoxyribonucleotide metabolism / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily ...Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35000968892 Å
データ登録者Grave, K. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: The Bacillus anthracis class Ib ribonucleotide reductase subunit NrdF intrinsically selects manganese over iron.
著者: Grave, K. / Griese, J.J. / Berggren, G. / Bennett, M.D. / Hogbom, M.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,81211
ポリマ－74,1122
非ポリマー7009
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.178, 60.300, 95.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.469, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量: 37055.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. Sterne (炭疽菌)
遺伝子: nrdF, GBAA_1372 / Variant: pXO1-/pXO2- deficient / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: Q81TB4, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 - 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris methane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→54.3536195985 Å / Num. obs: 131966 / % possible obs: 96.05 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.6832569535 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.589 / Num. unique obs: 11538 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.548 / Rrim(I) all: 0.803

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QO9

6qo9


解像度: 1.35000968892→54.3536195985 Å / SU ML: 0.121453353802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97180886301 / 位相誤差: 17.5972998692
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168876487598 6665 5 %Random selection
Rwork0.146570980629 ---
obs0.147741493981 131718 96.0491774589 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.1813998233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35000968892→54.3536195985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4625 0 29 353 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0101308721744798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.093605428796497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0755164168085721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00767919786451823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.1152680221767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35000968892-1.36540.3033126692111590.2499431020153430X-RAY DIFFRACTION78.055676381
1.3654-1.38140.2692085286581870.2350297603223585X-RAY DIFFRACTION84.2340330505
1.3814-1.39830.2465670847582160.2183606507323931X-RAY DIFFRACTION90.6844522195
1.3983-1.4160.2267852639892150.2048521294324215X-RAY DIFFRACTION97.4697469747
1.416-1.43460.2184965740542450.1896247056244255X-RAY DIFFRACTION97.9538528515
1.4346-1.45430.2007970808212490.1815673340944159X-RAY DIFFRACTION97.9337924906
1.4543-1.4750.2329564306432220.1726099185814203X-RAY DIFFRACTION97.4240422721
1.475-1.4970.1799934709222160.1583035647494208X-RAY DIFFRACTION97.0814132104
1.497-1.52040.1922255326172140.152763409444183X-RAY DIFFRACTION96.5100965759
1.5204-1.54540.1722426553822230.1501326654014115X-RAY DIFFRACTION94.612868048
1.5454-1.5720.1844927190372420.143712037633923X-RAY DIFFRACTION92.044198895
1.572-1.60060.1556671644562050.1357212289634272X-RAY DIFFRACTION98.6557955046
1.6006-1.63140.1699281973622180.136950513634320X-RAY DIFFRACTION98.673624701
1.6314-1.66470.1784608096132210.1373791976514254X-RAY DIFFRACTION98.2652613087
1.6647-1.70090.1748092991412230.1330880468094216X-RAY DIFFRACTION97.9695431472
1.7009-1.74050.1660674637751910.129508857394259X-RAY DIFFRACTION97.6948408342
1.7405-1.7840.1646479407171880.1215165785224233X-RAY DIFFRACTION96.7819614711
1.784-1.83220.1416014534582110.1239787145214043X-RAY DIFFRACTION93.4329013837
1.8322-1.88610.1585829347032270.1271593485194237X-RAY DIFFRACTION97.3185088293
1.8861-1.9470.1829699787642250.1281198202574305X-RAY DIFFRACTION99.4729907773
1.947-2.01660.1571482635882550.1268172061294300X-RAY DIFFRACTION99.1294885745
2.0166-2.09740.1645641297042320.1254325631284222X-RAY DIFFRACTION98.3874530594
2.0974-2.19280.1492614216522380.1256523495834249X-RAY DIFFRACTION97.289679098
2.1928-2.30840.1605418214562210.1289595668064121X-RAY DIFFRACTION94.7001090513
2.3084-2.45310.1366649023112290.1281811022714258X-RAY DIFFRACTION98.3128834356
2.4531-2.64250.1644944665812140.133938035474332X-RAY DIFFRACTION99.3661202186
2.6425-2.90840.1569289519662490.1425082183694314X-RAY DIFFRACTION99.1956521739
2.9084-3.32920.1678224069952590.1560633297754217X-RAY DIFFRACTION96.4655172414
3.3292-4.19420.1542495335162260.1457925467294348X-RAY DIFFRACTION99.0043290043
4.1942-54.35361959850.1807906037762450.1781713299364346X-RAY DIFFRACTION97.2051662079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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