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万見
- PDB-6tqn: rrn anti-termination complex without S4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqn
タイトルrrn anti-termination complex without S4
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (Transcription termination/antitermination protein ...) x 2
  • 30S ribosomal protein S10
  • Inositol monophosphatase
  • Inositol-1-monophosphatase
  • Transcription antitermination protein NusB
  • ntDNA
  • rrnGnut
  • tDNA
キーワードTRANSCRIPTION / rrn / anti-termination complex / RNAP / Nus factors / SuhB
機能・相同性
機能・相同性情報


: / glycerol-2-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / lithium ion binding / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / DNA-templated transcription elongation / inositol metabolic process / rRNA primary transcript binding ...: / glycerol-2-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / lithium ion binding / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / DNA-templated transcription elongation / inositol metabolic process / rRNA primary transcript binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cell envelope stress / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein complex oligomerization / bacterial-type flagellum assembly / transcription antitermination factor activity, RNA binding / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / ribosome biogenesis / response to heat / small ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / cytosolic small ribosomal subunit / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein dimerization activity / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / response to antibiotic / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / signal transduction / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Inositol monophosphatase SuhB-like / NusG, N-terminal domain / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site ...N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Inositol monophosphatase SuhB-like / NusG, N-terminal domain / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Inositol monophosphatase / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like first KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / SH3 type barrels. - #30 / NusG-like / Transcription termination factor nusG / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / Type-1 KH domain profile. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / NusG, N-terminal domain superfamily / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Helix-hairpin-helix domain / S1 domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Nucleic acid-binding proteins / S1 domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / SH3 type barrels. / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / 30S ribosomal protein S10 / Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription antitermination protein NusB / Inositol-1-monophosphatase / Transcription antitermination protein NusB / Small ribosomal subunit protein uS10 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / 30S ribosomal protein S10 / Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription antitermination protein NusB / Inositol-1-monophosphatase / Transcription antitermination protein NusB / Small ribosomal subunit protein uS10 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Nus factor SuhB / Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription termination/antitermination protein NusG / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / Transcription termination/antitermination protein NusG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Huang, Y.H. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Hilal, T. / Said, N.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Mechanisms of a Molecular RNA Polymerase/Chaperone Machine Required for Ribosome Biosynthesis.
著者: Yong-Heng Huang / Tarek Hilal / Bernhard Loll / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christoph Böttcher / Nelly Said / Markus C Wahl /
要旨: Bacterial ribosomal RNAs are synthesized by a dedicated, conserved transcription-elongation complex that transcribes at high rates, shields RNA polymerase from premature termination, and supports co- ...Bacterial ribosomal RNAs are synthesized by a dedicated, conserved transcription-elongation complex that transcribes at high rates, shields RNA polymerase from premature termination, and supports co-transcriptional RNA folding, modification, processing, and ribosomal subunit assembly by presently unknown mechanisms. We have determined cryo-electron microscopy structures of complete Escherichia coli ribosomal RNA transcription elongation complexes, comprising RNA polymerase; DNA; RNA bearing an N-utilization-site-like anti-termination element; Nus factors A, B, E, and G; inositol mono-phosphatase SuhB; and ribosomal protein S4. Our structures and structure-informed functional analyses show that fast transcription and anti-termination involve suppression of NusA-stabilized pausing, enhancement of NusG-mediated anti-backtracking, sequestration of the NusG C-terminal domain from termination factor ρ, and the ρ blockade. Strikingly, the factors form a composite RNA chaperone around the RNA polymerase RNA-exit tunnel, which supports co-transcriptional RNA folding and annealing of distal RNA regions. Our work reveals a polymerase/chaperone machine required for biosynthesis of functional ribosomes.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10546
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Inositol monophosphatase
S: Inositol-1-monophosphatase
A: Transcription termination/antitermination protein NusA
B: Transcription antitermination protein NusB
E: 30S ribosomal protein S10
G: Transcription termination/antitermination protein NusG
U: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
V: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
W: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
X: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
R: rrnGnut
L: tDNA
K: ntDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,34719
ポリマ－602,14314
非ポリマー2045
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 TSBE

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase


分子量: 29066.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: B9S25_006930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7PBT3, UniProt: P0ADG4*PLUS
#2: タンパク質 Inositol-1-monophosphatase / Inositol-1-phosphatase


分子量: 29537.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: suhB, ssyA, b2533, JW2517 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADG4, inositol-phosphate phosphatase
#4: タンパク質 Transcription antitermination protein NusB / Antitermination factor NusB


分子量: 15838.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusB, CCU01_023355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8C5Y7, UniProt: P0A780*PLUS
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 12012.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, AD31_3986 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073G203, UniProt: P0A7R5*PLUS

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Transcription termination/antitermination protein ... , 2種, 2分子 AG

#3: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusA


分子量: 55030.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusA, CCU01_003250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BVH6, UniProt: P0AFF6*PLUS
#6: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 20817.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusG, HMPREF1611_01657 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ZS55, UniProt: P0AFG0*PLUS

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 UVWXY

#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8V4, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 156748.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, A1WS_04718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: S1HM87, UniProt: P0A8T7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

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RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#11: RNA鎖 rrnGnut


分子量: 27435.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 LK

#12: DNA鎖 tDNA


分子量: 10645.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#13: DNA鎖 ntDNA


分子量: 10821.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 5分子

#14: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1rrn anti-termination complex (without S4)COMPLEX#1-#130RECOMBINANT
2rrn anti-termination complex (without S4)COMPLEX#1-#101RECOMBINANT
3rrn anti-termination complex (without S4)COMPLEX#11-#131RECOMBINANT
分子量値: 650 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 2500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類
13cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33821 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00440192
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61754811
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.64624325
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0486292
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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