PDB-6tqj: Crystal structure of the c14 ring of the F1FO ATP synthase from s...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 6tqj
• タイトル: Crystal structure of the c14 ring of the F1FO ATP synthase from spinach chloroplast
• 要素: ATP synthase subunit c, chloroplastic
• キーワード: MEMBRANE PROTEIN / ATP synthase / c ring / spinach / chloroplast

機能・相同性

分子機能:

chloroplast thylakoid membrane / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding

ドメイン・相同性:

F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha

構成要素:

EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / ATP synthase subunit c, chloroplastic

• 生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
• データ登録者: Kovalev, K. / Gushchin, I. / Vlasov, A. / Round, E. / Polovinkin, V. / Gordeliy, V.

資金援助

ロシア, フランス, 4件

組織	認可番号	国
Russian Science Foundation	16-15-00242	ロシア
French National Research Agency	ANR-10-INSB-05-02	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)	ANR-10-LABX-49-01	フランス
Russian Foundation for Basic Research	18-34-00256	ロシア

• 引用: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019; タイトル: Unusual features of the c-ring of F1FOATP synthases.; 著者: Vlasov, A.V. / Kovalev, K.V. / Marx, S.H. / Round, E.S. / Gushchin, I.Y. / Polovinkin, V.A. / Tsoy, N.M. / Okhrimenko, I.S. / Borshchevskiy, V.I. / Buldt, G.D. / Ryzhykau, Y.L. / Rogachev, A.V. / Chupin, V.V. / Kuklin, A.I. / Dencher, N.A. / Gordeliy, V.I.

履歴

登録	2019年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: ATP synthase subunit c, chloroplastic

B: ATP synthase subunit c, chloroplastic

C: ATP synthase subunit c, chloroplastic

D: ATP synthase subunit c, chloroplastic

E: ATP synthase subunit c, chloroplastic

F: ATP synthase subunit c, chloroplastic

G: ATP synthase subunit c, chloroplastic

H: ATP synthase subunit c, chloroplastic

I: ATP synthase subunit c, chloroplastic

J: ATP synthase subunit c, chloroplastic

K: ATP synthase subunit c, chloroplastic

L: ATP synthase subunit c, chloroplastic

M: ATP synthase subunit c, chloroplastic

N: ATP synthase subunit c, chloroplastic

ヘテロ分子

概要:

• 119 kDa, 14 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	119,386	41
ポリマ－	111,683	14
非ポリマー	7,703	27
水	3,477	193

1

概要:

• 登録構造と同一
• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: native gel electrophoresis

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	62580 Å2
ΔGint	-558 kcal/mol
Surface area	29500 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.136, 96.336, 158.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
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2	6	G
1	7	A
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1	8	A
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1	9	A
2	9	J
1	10	A
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1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	B
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1	18	B
2	18	G
1	19	B
2	19	H
1	20	B
2	20	I
1	21	B
2	21	J
1	22	B
2	22	K
1	23	B
2	23	L
1	24	B
2	24	M
1	25	B
2	25	N
1	26	C
2	26	D
1	27	C
2	27	E
1	28	C
2	28	F
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2	32	J
1	33	C
2	33	K
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2	34	L
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1	37	D
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2	40	H
1	41	D
2	41	I
1	42	D
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1	43	D
2	43	K
1	44	D
2	44	L
1	45	D
2	45	M
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1	47	E
2	47	F
1	48	E
2	48	G
1	49	E
2	49	H
1	50	E
2	50	I
1	51	E
2	51	J
1	52	E
2	52	K
1	53	E
2	53	L
1	54	E
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1	55	E
2	55	N
1	56	F
2	56	G
1	57	F
2	57	H
1	58	F
2	58	I
1	59	F
2	59	J
1	60	F
2	60	K
1	61	F
2	61	L
1	62	F
2	62	M
1	63	F
2	63	N
1	64	G
2	64	H
1	65	G
2	65	I
1	66	G
2	66	J
1	67	G
2	67	K
1	68	G
2	68	L
1	69	G
2	69	M
1	70	G
2	70	N
1	71	H
2	71	I
1	72	H
2	72	J
1	73	H
2	73	K
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2	74	L
1	75	H
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2	77	J
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1	79	I
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1	80	I
2	80	M
1	81	I
2	81	N
1	82	J
2	82	K
1	83	J
2	83	L
1	84	J
2	84	M
1	85	J
2	85	N
1	86	K
2	86	L
1	87	K
2	87	M
1	88	K
2	88	N
1	89	L
2	89	M
1	90	L
2	90	N
1	91	M
2	91	N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 81 / Label seq-ID: 1 - 81

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
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1	6	A	A
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1	7	A	A
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1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	A	A
2	12	M	M
1	13	A	A
2	13	N	N
1	14	B	B
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1	15	B	B
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1	17	B	B
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1	19	B	B
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1	23	B	B
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1	24	B	B
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1	25	B	B
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1	26	C	C
2	26	D	D
1	27	C	C
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1	28	C	C
2	28	F	F
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1	30	C	C
2	30	H	H
1	31	C	C
2	31	I	I
1	32	C	C
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1	33	C	C
2	33	K	K
1	34	C	C
2	34	L	L
1	35	C	C
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1	36	C	C
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1	37	D	D
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1	38	D	D
2	38	F	F
1	39	D	D
2	39	G	G
1	40	D	D
2	40	H	H
1	41	D	D
2	41	I	I
1	42	D	D
2	42	J	J
1	43	D	D
2	43	K	K
1	44	D	D
2	44	L	L
1	45	D	D
2	45	M	M
1	46	D	D
2	46	N	N
1	47	E	E
2	47	F	F
1	48	E	E
2	48	G	G
1	49	E	E
2	49	H	H
1	50	E	E
2	50	I	I
1	51	E	E
2	51	J	J
1	52	E	E
2	52	K	K
1	53	E	E
2	53	L	L
1	54	E	E
2	54	M	M
1	55	E	E
2	55	N	N
1	56	F	F
2	56	G	G
1	57	F	F
2	57	H	H
1	58	F	F
2	58	I	I
1	59	F	F
2	59	J	J
1	60	F	F
2	60	K	K
1	61	F	F
2	61	L	L
1	62	F	F
2	62	M	M
1	63	F	F
2	63	N	N
1	64	G	G
2	64	H	H
1	65	G	G
2	65	I	I
1	66	G	G
2	66	J	J
1	67	G	G
2	67	K	K
1	68	G	G
2	68	L	L
1	69	G	G
2	69	M	M
1	70	G	G
2	70	N	N
1	71	H	H
2	71	I	I
1	72	H	H
2	72	J	J
1	73	H	H
2	73	K	K
1	74	H	H
2	74	L	L
1	75	H	H
2	75	M	M
1	76	H	H
2	76	N	N
1	77	I	I
2	77	J	J
1	78	I	I
2	78	K	K
1	79	I	I
2	79	L	L
1	80	I	I
2	80	M	M
1	81	I	I
2	81	N	N
1	82	J	J
2	82	K	K
1	83	J	J
2	83	L	L
1	84	J	J
2	84	M	M
1	85	J	J
2	85	N	N
1	86	K	K
2	86	L	L
1	87	K	K
2	87	M	M
1	88	K	K
2	88	N	N
1	89	L	L
2	89	M	M
1	90	L	L
2	90	N	N
1	91	M	M
2	91	N	N

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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15
16
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20
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27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
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54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
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73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N
ATP synthase subunit c, chloroplastic / ATP synthase F(0) sector subunit c / ATPase subunit III / F-type ATPase subunit c / F-ATPase subunit c / Lipid-binding protein

詳細:

分子量: 7977.366 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: atpH / 発現宿主: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P69447

#2: 化合物

A-101 B-101 C-101 C-102 C-103 D-101 E-101 F-101 G-101 G-102 G-103 H-101 H-102 H-103 H-104 I-101 I-102 J-101 L-101 L-102 ...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン

詳細:

分子量: 282.547 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂

#3: 化合物

H-105 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト

詳細:

分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: N

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 3.05 ų/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
• 結晶化: 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.8, 1.4 M ammonium sulfate

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.978 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.3→48.17 Å / Num. obs: 57691 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.192 / R_pim(I) all: 0.114 / R_rim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 214591 / Scaling rejects: 10

反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC1/2	Rpim(I) all	Rrim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.36	3.5	1.169	12342	3484	0.421	0.704	1.369	1.2	75.6
10.03-48.17	3.4	0.051	2592	753	0.998	0.031	0.06	11.5	98.2

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V3C

3v3c

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 8.026 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.221
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.2369	2844	4.9 %	RANDOM
Rwork	0.2042	-	-	-
obs	0.2058	54743	96.34 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.05 Ų / B_iso mean: 30.937 Ų / B_iso min: 14.26 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	-1.53 Å2	-0 Å2	-1.57 Å2
2-	-	3.14 Å2	-0 Å2
3-	-	-	-0.56 Å2

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7761	0	328	193	8282
Biso mean	-	-	71.29	34.47	-
残基数	-	-	-	-	1134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	8749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.068	1.622	11325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.115	1.551	20199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.083	5	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.177	25.254	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.412	15	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.208	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	9308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1426

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2272	0.05
1	2	B	2272	0.05
2	1	A	2264	0.06
2	2	C	2264	0.06
3	1	A	2268	0.05
3	2	D	2268	0.05
4	1	A	2267	0.04
4	2	E	2267	0.04
5	1	A	2273	0.03
5	2	F	2273	0.03
6	1	A	2265	0.05
6	2	G	2265	0.05
7	1	A	2274	0.04
7	2	H	2274	0.04
8	1	A	2276	0.03
8	2	I	2276	0.03
9	1	A	2279	0.03
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13	1	A	2270	0.03
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89	2	M	2299	0.03
90	1	L	2280	0.04
90	2	N	2280	0.04
91	1	M	2282	0.04
91	2	N	2282	0.04

LS精密化 シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.317	187	-
Rwork	0.307	3070	-
all	-	3257	-
obs	-	-	74.67 %