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- PDB-6tqg: Pseudomonas aeruginosa RmlA in complex with allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqg
タイトルPseudomonas aeruginosa RmlA in complex with allosteric inhibitor
要素Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / RmlA / allostery / thymidylyltransferase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NVQ / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Alphey, M.S. / Xiao, G. / Westwood, J.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT100209MA 英国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Next generation Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (RmlA) inhibitors: An extended SAR study to direct future design.
著者: Xiao, G. / Alphey, M.S. / Tran, F. / Pirrie, L. / Milbeo, P. / Zhou, Y. / Bickel, J.K. / Kempf, O. / Kempf, K. / Naismith, J.H. / Westwood, N.J.
履歴
登録2019年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,86720
ポリマ－134,6564
非ポリマー3,21016
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area39660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.011, 137.920, 73.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSVALVALAA2 - 29212 - 302
21LYSLYSVALVALBB2 - 29212 - 302
12LYSLYSTYRTYRAA2 - 29312 - 303
22LYSLYSTYRTYRCC2 - 29312 - 303
13ARGARGVALVALAA3 - 29213 - 302
23ARGARGVALVALDD3 - 29213 - 302
14LYSLYSTYRTYRBB2 - 29312 - 303
24LYSLYSTYRTYRCC2 - 29312 - 303
15ARGARGTYRTYRBB3 - 29313 - 303
25ARGARGTYRTYRDD3 - 29313 - 303
16ARGARGTYRTYRCC3 - 29313 - 303
26ARGARGTYRTYRDD3 - 29313 - 303

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase


分子量: 33664.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues missing from the model due to missing electron density resulting from loop/sidechain flexibility
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: rmlA, rfbA, CAZ10_00575, E4V10_15605, IPC1492_24235, IPC605_02475, PAMH19_2921
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G3XCK4, UniProt: Q9HU22*PLUS, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-NVQ / ~{N}-[1-[(4-bromophenyl)methyl]-6-[3-(methylamino)propylamino]-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-5-yl]-~{N}-methyl-benzenesulfonamide


分子量: 536.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26BrN5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 11% PEG 6000, 0.15M MES pH6, 0.15M sodium bromide, 0.15M magnesium chloride, 1% B-mercaptoethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月3日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→29.57 Å / Num. obs: 49961 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.534.51.0491981744220.5570.5261.1791.392.1
9.8-29.574.90.04639408060.9980.0230.05221.695.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.585
最高解像度最低解像度
Rotation29.57 Å2.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FTV

5ftv


解像度: 2.45→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 22.571 / SU ML: 0.265 / SU R Cruickshank DPI: 0.5301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.306
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2836 2551 5.1 %RANDOM
Rwork0.2571 ---
obs0.2585 47378 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.02 Å2 / Biso mean: 46.12 Å2 / Biso min: 12.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å21.74 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8281 0 188 106 8575
Biso mean--45.69 37.32 -
残基数----1069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0138660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.63611765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1261.57218325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62351058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88323.043437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.149151355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7511544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021810
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82690.06
12B82690.06
21A78840.06
22C78840.06
31A79770.06
32D79770.06
41B78140.06
42C78140.06
51B79110.06
52D79110.06
61C78750.04
62D78750.04
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 188 -
Rwork0.347 3333 -
all-3521 -
obs--91.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7097-0.45950.35940.7890.17391.5037-0.1131-0.04450.07620.17810.3153-0.15840.20670.0666-0.20210.23060.0736-0.14630.19-0.06080.31484.7780.03833.506
21.19990.2668-0.56810.78360.09481.0129-0.011-0.11850.0301-0.13310.2684-0.1551-0.0990.1132-0.25740.2078-0.0761-0.10740.1396-0.05340.324410.405-28.3368.146
30.7363-0.55280.35990.9786-0.55370.85360.1459-0.039-0.1174-0.10920.17680.2607-0.0037-0.2157-0.32270.1510.0019-0.12690.11360.18030.4216-24.3125.54917.092
40.96480.6334-0.26581.5076-0.90640.7179-0.03910.06810.28-0.17860.3840.39850.2072-0.2376-0.34490.2016-0.15-0.2750.19910.21470.4273-22.841-33.05610.167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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