PDB-6tpu: Crystal structures of FNIII domain three and four of the human le...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tpu

タイトル

Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR

要素

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

キーワード

CELL ADHESION / Fibronectin type-III / adhesion protein

機能・相同性

機能・相同性情報

chondroitin sulfate proteoglycan binding / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / Synaptic adhesion-like molecules / regulation of axon regeneration / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cell adhesion molecule binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Vilstrup, J.P. / Thirup, S.S. / Simonsen, A. / Birkefeldt, T. / Strandbygaard, D.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal and solution structures of fragments of the human leucocyte common antigen-related protein.
著者: Vilstrup, J. / Simonsen, A. / Birkefeldt, T. / Strandbygard, D. / Lyngso, J. / Pedersen, J.S. / Thirup, S.

履歴

登録	2019年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tpu.cif.gz	180 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tpu.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tpu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tptC 6tpvC 6tpwC 2edxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pok-d 5xpw-d 4bq9-2 4yfe-2 6tpt-d 6tpv-1 4yfe-1 4m03-d 2xy2-d 2v5t-d 2xy1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (3)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (12)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

ヘテロ分子

43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.290, 105.100, 62.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 135.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F / Leukocyte common antigen related / LAR 分子量: 21862.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRF, LAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10586, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→43.41 Å / Num. obs: 54988 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.55→1.6 Å / Num. unique obs: 5296 / CC_1/2: 0.516

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EDX

2edx

解像度: 1.55→43.41 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	1979	3.6 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1664	54966	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3056	0	3	467	3526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	4456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.432	1220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.374	137	0.3466	3675	X-RAY DIFFRACTION	97
1.59-1.63	0.3285	147	0.3215	3654	X-RAY DIFFRACTION	97
1.63-1.68	0.2743	131	0.2633	3735	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.73	0.2781	147	0.2266	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.2463	144	0.2015	3795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.87	0.2384	136	0.2	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.95	0.2256	140	0.1731	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.06	0.2195	145	0.1623	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.18	0.1817	139	0.1596	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.35	0.1855	135	0.1671	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.59	0.2182	148	0.1752	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.96	0.1963	145	0.1677	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.73	0.1798	142	0.1423	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-43.41	0.1453	143	0.1362	3862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4299	0.1278	0.1371	4.3025	1.496	0.7051	0.0407	-0.1027	-0.0821	0.3952	0.0379	-0.5238	0.1735	-0.0088	-0.0876	0.197	0.0038	-0.024	0.2016	-0.0025	0.2424	82.1798	5.545	-58.4625
2	1.9204	0.4739	0.2828	4.719	1.9176	3.2173	0.0189	-0.3655	0.1786	0.4756	0.1092	-0.0889	-0.0402	0.1022	-0.1227	0.2128	-0.0099	-0.0263	0.2281	-0.0287	0.231	79.9654	14.419	-51.3939
3	2.275	0.2752	0.6536	1.5943	0.0314	3.0464	0.1332	0.0745	-0.1933	-0.0656	-0.1305	0.0821	0.1444	-0.2402	-0.0198	0.153	0.0204	-0.0179	0.1913	-0.0129	0.1568	71.1028	7.8149	-63.413
4	0.6252	-0.7304	-1.0971	3.9553	3.5092	4.4771	-0.0194	-0.0269	-0.1896	0.3028	-0.1501	0.0306	0.2759	-0.1997	0.1575	0.195	-0.0041	-0.0218	0.2003	-0.0048	0.2084	76.078	0.8342	-57.8302
5	0.1893	-0.1654	0.0433	2.8554	0.8197	0.3257	0.0457	0.0648	-0.0208	-0.0664	-0.0484	-0.0249	0.0025	-0.026	-0.0057	0.1689	0.021	0.0069	0.1918	-0.013	0.1567	76.3468	-4.9216	-68.7255
6	2.0202	0.256	0.1991	1.5144	-0.0092	1.9532	-0.0507	0.0406	0.0713	-0.1358	-0.0362	0.0604	-0.065	-0.0849	0.0783	0.1409	0.0087	-0.0106	0.1784	-0.0222	0.1489	78.5821	-29.9658	-74.0553
7	2.777	0.1889	0.3813	5.1035	0.938	3.1129	0.0539	0.224	-0.0517	-0.3006	0.0209	-0.2909	-0.0109	0.3481	-0.062	0.1544	0.0269	0.0188	0.1899	-0.0166	0.1754	82.3698	-34.2274	-80.0243
8	1.121	-0.0445	0.3733	4.2053	1.0074	1.8799	0.0037	-0.181	-0.1119	0.1269	-0.2008	0.2615	0.103	-0.1748	0.1685	0.1608	0.0044	-0.012	0.1879	-0.02	0.1921	76.936	-32.1268	-72.1106
9	2.2727	0.2106	0.4011	2.598	0.5525	2.6882	0.1917	0.0404	-0.1151	0.3496	-0.233	0.2287	0.4294	-0.1889	0.0022	0.1845	0.0452	-0.0361	0.1611	-0.0054	0.2175	75.6531	-33.4159	-74.2508
10	3.4002	-0.6973	0.5881	2.7308	-0.8275	2.2319	0.0426	-0.2283	-0.2865	0.1277	-0.0205	0.1284	0.0681	-0.0063	-0.0218	0.1269	-0.004	0.0017	0.1591	0.0039	0.1517	98.3729	-24.1076	-60.1212
11	1.5696	0.6284	-0.501	2.3402	-1.1192	1.897	-0.0347	0.1969	0.0598	-0.681	0.0244	-0.2122	-0.0277	0.0467	0.0117	0.3089	-0.0047	0.0526	0.2291	0.0163	0.1978	97.3093	16.0351	-76.3926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 512 through 527 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 528 through 539 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 540 through 561 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 562 through 576 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 577 through 622 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 623 through 659 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 660 through 678 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 679 through 688 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 689 through 705 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 514 through 600 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 601 through 706 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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