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- PDB-6tpo: Conformation of cd1 nitrite reductase NirS without bound heme d1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpo
タイトルConformation of cd1 nitrite reductase NirS without bound heme d1
要素Nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cd1 nitrite reductase / NirS
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / HEME C / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.861 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2223/1 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of heme d 1 -free cd 1 nitrite reductase NirS.
著者: Klunemann, T. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2064
ポリマ－60,2591
非ポリマー9473
水4,594255
1
A: Nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4128
ポリマ－120,5182
非ポリマー1,8946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)67.245, 67.245, 277.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1060-

HOH

21A-1105-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrite reductase / Cytochrome cd1 / Cytochrome oxidase / Hydroxylamine reductase


分子量: 60259.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
参照: UniProt: P24474, nitrite reductase (NO-forming), hydroxylamine reductase
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1M Phosphate/citrate pH4.2 40% (v/v) PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.033217 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033217 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→69.28 Å / Num. obs: 54867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 1316645 / Scaling rejects: 44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.86-1.9618.71.40614646578120.8060.3261.4442.8
5.88-69.2822.40.0914528920250.9890.020.09443.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIXdev-3714精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
autoPROCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hzu

1hzu


解像度: 1.861→54.364 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1937 2726 4.98 %
Rwork0.1663 --
obs0.1677 54747 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.22 Å2 / Biso mean: 34.4895 Å2 / Biso min: 14.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.861→54.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4071 0 127 255 4453
Biso mean--45.93 34.46 -
残基数----523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.861-1.89430.24691450.22092647
1.8943-1.93080.25611130.20392738
1.9308-1.97020.20561340.1822690
1.9702-2.0130.21111390.18142668
2.013-2.05990.19781420.18682687
2.0599-2.11140.24191530.18682685
2.1114-2.16850.17161550.17712718
2.1685-2.23230.22081460.17452650
2.2323-2.30430.20611520.16792689
2.3043-2.38670.20491500.17032725
2.3867-2.48220.22461420.16772694
2.4822-2.59520.20751470.17172725
2.5952-2.7320.2081370.1652716
2.732-2.90320.19231470.16742754
2.9032-3.12730.18171320.17222743
3.1273-3.4420.18131360.1612787
3.442-3.93990.17561570.14772807
3.9399-4.96340.15561500.13132840
4.9634-54.3640.21061490.18913058
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30890.16670.07180.22150.18930.57910.2427-0.1873-0.28270.47450.0954-0.04250.2519-0.20470.02230.3667-0.0378-0.0690.2480.04850.3574.98291.6149-15.7525
20.4437-0.25770.32370.4082-0.01451.1350.03360.0789-0.0996-0.0025-0.02780.01350.11750.0785-00.1550.01280.020.2157-0.00550.226610.417817.6769-26.0022
30.2477-0.141-0.24320.188-0.02911.22440.00640.0203-0.0339-0.0043-0.0395-0.0293-0.04010.0158-00.22210.0019-0.00060.20540.00290.19313.696329.4759-12.029
40.63290.06980.1360.37510.29170.4869-0.0224-0.0492-0.05640.08140.00890.0279-0.0311-0.101600.2180.0336-0.0070.17060.01110.2015-14.925136.6786-24.3409
50.13250.10840.02190.07710.03490.2109-0.09320.24890.0047-0.0729-0.00410.2158-0-0.136-0.0010.21730.0405-0.01950.2274-0.0140.255-15.322332.6482-43.1005
60.8673-0.1468-0.07060.3361-0.44651.02090.02750.1324-0.0772-0.1076-0.0360.04890.05-0.011800.19350.02230.00560.1868-0.0150.2047-0.67930.2831-40.4065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 64 )A21 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 206 )A65 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 328 )A207 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 444 )A329 - 444
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 445 through 472 )A445 - 472
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 473 through 543 )A473 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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