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- PDB-6tov: Crystal Structure of Teicoplanin Aglycone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tov
タイトルCrystal Structure of Teicoplanin Aglycone
要素Teicoplanin Aglycone
キーワードANTIBIOTIC / peptidoglycan polymerization inhibitor
機能・相同性Teicoplanin Aglycone
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.767 Å
データ登録者Belviso, B.D. / Carrozzini, B. / Caliandro, R. / Altomare, C.D. / Bolognino, I. / Cellamare, S.
引用ジャーナル: Separations / 年: 2022
タイトル: Enantiomeric Separation and Molecular Modelling of Bioactive 4-Aryl-3,4-dihydropyrimidin-2(1H)-one Ester Derivatives on Teicoplanin-Based Chiral Stationary Phase
著者: Bolognino, I. / Carrieri, A. / Purgatorio, R. / Catto, M. / Caliandro, R. / Carrozzini, B. / Belviso, B.D. / Majellaro, M. / Sotelo, E. / Cellamare, S. / Altomare, C.D.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teicoplanin Aglycone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5986
ポリマ－1,2071
非ポリマー3915
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area1570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.722, 13.113, 21.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-212-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Teicoplanin Aglycone


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is synthetically generated by starting from teicoplanine
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Teicoplanin Aglycone
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE ...TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. HERE, TEICOPLANIN AGLYCON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: teicoplanine=10mg/ml sodium acetate 1.2M, sodium cacodylate 100mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.767→18.143 Å / Num. obs: 9030 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 14.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
0.77-0.797.60.67715872090.7970.2560.7262.428.9
3.43-18.1415.10.08220141330.9970.0210.08435.999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Sir2014位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.767→18.143 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.986 / SU B: 0.226 / SU ML: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.011
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1143 388 4.3 %RANDOM
Rwork0.0966 ---
obs0.0972 8642 87.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 27.31 Å2 / Biso mean: 3.82 Å2 / Biso min: 2.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20.03 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.767→18.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 80 23 103
Biso mean--3.86 5.79 -
残基数----2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0410.02110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.02178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1532.594130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1592.429162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3851
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0480.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.7053188
LS精密化 シェル解像度: 0.767→0.787 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 14 -
Rwork0.188 195 -
obs--28.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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