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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tob
タイトルStructural and DNA Binding Properties of Mycobacterial Integration Host Factor mIHF
要素Integration host factor MIHF
キーワードDNA BINDING PROTEIN / - transcriptional control. Mycobacterial integration host factor - mIHF is an alpha-helical protein with two DNA-binding sites
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / peptidoglycan-based cell wall / nucleic acid binding / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / S13-like H2TH domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Integration host factor MIHF / Integration host factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Herrmann, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-162641 スイス
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and DNA binding properties of mycobacterial integration host factor mIHF.
著者: Odermatt, N.T. / Lelli, M. / Herrmann, T. / Abriata, L.A. / Japaridze, A. / Voilquin, H. / Singh, R. / Piton, J. / Emsley, L. / Dietler, G. / Cole, S.T.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integration host factor MIHF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9101
ポリマ－11,9101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Integration host factor MIHF


分子量: 11909.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mihF, ERS007672_05099, ERS007703_04035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U0SDY2, UniProt: P71658*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic3CBCA(CO)NH
121isotropic3(HA)CA(CO)NH
131isotropic3HACANH
141isotropic11H-13C 3D HSQC NOESY
151isotropic11H-15N 3D HSQC NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.34 mM [U-13C; U-15N] Mycobacterial integration host factor (mIHF), 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1.34 mM uniformly 13C- and 15N-labelled mIHF samples i in 90% H2O (50 mM phosphate buffer pH 7.5, 100 mM NaCl) and 10% 2H2O. 0.2% sodium azide.
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.34 mMMycobacterial integration host factor (mIHF)[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III10001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
UNIO2.9Herrmann, T. et al.chemical shift assignment
UNIO2.9UNIO-ATNOS modulepeak picking
UNIO2.9UNIO-ATNOS/CANDID for automated NOE assignmentデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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