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- PDB-6tn3: Crystal Structure of Aspergillus fumigatus UDP-N-acetylglucosamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tn3
タイトルCrystal Structure of Aspergillus fumigatus UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase in complex with GlcNAc-1P
要素UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Aspergillus fumigatus / anti-fungal / pyrophosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GN1 / PHOSPHATE ION / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.282 Å
データ登録者Raimi, O.G. / Guerrero, R.H.
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2020
タイトル: A mechanism-inspired UDP- N -acetylglucosamine pyrophosphorylase inhibitor.
著者: Raimi, O.G. / Hurtado-Guerrero, R. / Borodkin, V. / Ferenbach, A. / Urbaniak, M.D. / Ferguson, M.A.J. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9834
ポリマ－113,5872
非ポリマー3962
水4,161231
1
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7941
ポリマ－56,7941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1903
ポリマ－56,7941
非ポリマー3962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.736, 138.140, 145.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量: 56793.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_7G02180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WAR0, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖 ChemComp-GN1 / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE / N-acetyl-1-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-glucose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3NAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate and 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→20 Å / Num. obs: 49491 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Num. unique obs: 4051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YQS

2yqs


解像度: 2.282→19.925 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 2507 5.07 %
Rwork0.2055 --
obs0.2083 49488 95.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.23 Å2 / Biso mean: 48.6359 Å2 / Biso min: 20.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.282→19.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 0 24 231 7368
Biso mean--42.47 44.51 -
残基数----905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9989834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9964430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2821-2.32590.34531140.2561179267
2.3-2.380.21161580.1819279095
2.3259-2.37330.29051420.2536250495
2.3733-2.42480.321560.2453263397
2.4248-2.48120.34351270.2464256896
2.4812-2.54310.31711560.2578265097
2.5431-2.61170.31621460.2535261897
2.6117-2.68840.34591380.2505261097
2.6884-2.77490.30671350.2397268398
2.7749-2.87380.31331510.2478261798
2.8738-2.98850.32721270.2386267298
2.9885-3.1240.29091180.2415268298
3.124-3.28810.30861240.2354269198
3.2881-3.4930.27051500.2172266198
3.493-3.76110.25991690.1976265198
3.7611-4.13650.21931330.179270898
4.1365-4.72810.18511270.1647270697
4.7281-5.93070.24381360.1758274598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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